对于既成事实的违法占地，自然资源部门确实需要下达责令停止通知书。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、法律依据与程序要求

根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法规，对于违法占地行为，自然资源部门有责任进行查处。当发现违法占地行为时，自然资源部门应当首先进行调查取证，确认违法事实。在确认违法事实后，自然资源部门应当依法下达责令停止违法行为通知书，要求违法者立即停止违法行为，并限期改正。这一程序是法律规定的必要步骤，旨在及时制止违法行为，防止违法状态的持续和扩大。

二、责令停止通知书的法律效果

1. 制止违法行为：责令停止通知书具有即时的法律效力，能够要求违法者立即停止违法行为，从而有效制止违法状态的持续。
2. 为后续处罚奠定基础：下达责令停止通知书后，自然资源部门可以进一步开展调查取证工作，为后续的行政处罚（如罚款、没收违法所得、责令限期拆除等）提供充分的证据支持。
3. 保护合法权益：对于因违法占地行为而受到侵害的合法权益人，责令停止通知书的下达可以视为一种行政救济措施，有助于保护其合法权益不受进一步侵害。

三、特殊情况下的处理

虽然一般情况下自然资源部门需要下达责令停止通知书，但也存在一些特殊情况：

1. 紧急情况下的先行处理：在紧急情况下，如违法占地行为可能对公共安全、生态环境等造成严重危害时，自然资源部门可以先行采取必要的措施（如强制拆除、恢复原状等），但事后仍需依法补办相关手续，包括下达责令停止通知书（如果此前未下达）和进行后续的行政处罚。
2. 已进入司法程序的情况：如果违法占地行为已经进入司法程序（如已被法院裁定强制执行），则自然资源部门可能无需再单独下达责令停止通知书，但应配合司法机关的工作，提供必要的协助和支持。

四、法律后果与责任追究

如果自然资源部门未依法下达责令停止通知书，可能会面临以下法律后果：

1. 行政责任：自然资源部门及其工作人员可能因未依法履行职责而受到行政处分或行政处罚。
2. 民事责任：如果因未及时制止违法占地行为而导致他人合法权益受到侵害，自然资源部门可能需承担相应的民事赔偿责任。
3. 刑事责任：在极端情况下，如果自然资源部门的工作人员因玩忽职守或滥用职权而导致严重后果，可能构成犯罪，需承担刑事责任。

建议：如果您发现身边存在既成事实的违法占地行为，可以向当地自然资源部门举报。同时，如果您是违法占地行为的受害者，也可以依法向自然资源部门申请行政救济或向法院提起民事诉讼以维护自己的合法权益。在处理此类问题时，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。