结论前置：村民占地修建住宅，自然资源部门发责令停工书及限期拆除通知书，这一行为在符合法律规定的情况下是合法的。

分析说明：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请、经批准使用国有土地或集体土地。未经批准，擅自占用土地进行建设的，属于违法行为。
   • 同时，《中华人民共和国城乡规划法》也规定，在城市、镇规划区内进行建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程建设的，建设单位或者个人应当向城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府申请办理建设工程规划许可证。未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，也属于违法行为。

2. 执法权限：

   • 自然资源部门作为负责土地资源管理的政府部门，有权对违法用地行为进行查处。
   • 当发现村民未经批准擅自占地修建住宅时，自然资源部门可以依法发出责令停工书及限期拆除通知书，要求违法者停止违法行为，并在规定期限内拆除违法建筑。

3. 合法性判断：

   • 如果自然资源部门在发出责令停工书及限期拆除通知书前，已经进行了充分的调查取证，并确认村民确实存在违法用地行为，那么这一行为就是合法的。
   • 如果村民对自然资源部门的决定有异议，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼来维护自己的合法权益。

总结： 综上所述，村民占地修建住宅，自然资源部门发责令停工书及限期拆除通知书，这一行为在符合法律规定且程序合法的情况下是合法的。如果村民对此有异议，可以通过法律途径进行申诉或诉讼。