医疗商业保险赔偿通常不可扣除被保险人从第三人处获得的赔偿。具体分析如下：

一. 医疗商业保险与第三人赔偿的关系

1. 保险赔偿原则：医疗商业保险通常遵循补偿性原则，即对被保险人的实际损失进行补偿。这种补偿并不因被保险人从其他渠道（如第三人）获得赔偿而减少。
2. 不影响保险赔偿：被保险人从第三人处获得赔偿，是基于第三人的法律责任或合同义务。而医疗商业保险的赔偿是基于保险合同约定的保险责任。两者性质不同，互不干扰。

二. 法律依据

• 根据《保险法》的相关规定，保险人按照保险合同的约定承担赔偿或者给付保险金的责任，不因被保险人从第三者取得损害赔偿而减轻或免除其保险责任。

三. 实例说明

• 假设某人因交通事故受伤，同时拥有医疗商业保险。如果他从交通事故的责任方（第三人）获得了医疗费用的赔偿，这并不妨碍他向保险公司申请医疗商业保险的赔偿。保险公司仍应根据保险合同的约定，对他的医疗费用进行补偿。

我建议：在申请医疗商业保险赔偿时，被保险人应如实告知保险公司已从第三人处获得的赔偿情况，但无需担心这会影响其从保险公司获得应有的赔偿。如有进一步需要，您可以继续咨询我。