结论前置：公司三章（公章、财务章、法人章）被他人占用，属于严重侵害公司权益的行为，需立即采取法律措施追回并追究责任。以下是具体处理方案：

1. 立即采取紧急措施，防止损失扩大

• 书面催告返还：向占用方发送律师函，明确要求其限期返还三章，并声明逾期将追究法律责任。律师函需加盖公司公章（若公章被占用，可由法定代表人签字或使用备用章）。
• 挂失补办：若占用方拒不返还，立即向公安机关备案并挂失三章，同时联系刻章机构重新刻制。需提供营业执照、法定代表人身份证等材料。
• 通知合作方：向银行、客户、供应商等合作方发送书面通知，声明原三章作废，避免占用方利用三章签署合同或办理业务导致公司承担责任。

2. 追究占用方的法律责任

• 民事侵权责任：占用公司三章属于侵犯公司财产权的行为，公司可起诉要求占用方返还三章，并赔偿因占用导致的损失（如合同违约赔偿、行政处罚等）。
• 刑事责任：若占用方伪造公司文件、签署虚假合同或挪用资金，可能涉嫌伪造公司印章罪（刑法第280条）或职务侵占罪（刑法第271条），公司可向公安机关报案。
• 行政责任：若占用方利用三章办理工商变更、税务登记等行政手续，公司可向市场监管、税务等部门投诉，要求撤销相关变更。

3. 完善公司内部管理，防范风险

• 修订印章管理制度：明确印章保管、使用、审批流程，规定印章外借需经法定代表人书面批准，并留存使用记录。
• 指定专人保管：由法定代表人或其授权人员保管三章，避免多人经手导致管理混乱。
• 使用电子印章：考虑使用电子印章系统，通过密码、人脸识别等技术控制印章使用，降低物理印章被占用的风险。

4. 特殊情况处理

• 若占用方为公司内部人员（如股东、高管）：可通过股东会决议免除其职务，并要求其交还三章。若拒不配合，可提起股东代表诉讼或申请法院强制执行。
• 若占用方为外部人员：直接通过法律途径解决，同时加强公司安保措施，防止印章被抢夺或盗用。

提示：处理过程中需保留所有证据（如催告记录、挂失证明、损失计算依据等），以便后续维权。若情况复杂，建议委托律师全程参与，确保程序合法、证据充分。如有进一步问题，可直接向我咨询。