分公司注销后签订的协议一般无效，但在特定情况下可能有效。具体分析如下：
一、分公司注销的法律后果
分公司作为总公司的分支机构，并不具备独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。当分公司注销后，它在法律上不再作为一个独立的经营主体存在，因此丧失了签订合同的主体资格。
二、协议有效性的具体分析
分公司注销前签订的协议：
- 有效性：如果协议是在分公司注销之前签订的，那么该协议是有效的。分公司注销并不影响之前所签订协议的效力。
- 权利义务的转移：由于分公司不具有法人资格，其注销后，原协议中的权利义务应由总公司继续承担。
分公司注销后签订的协议：
- 一般情况：如果协议是在分公司已经注销之后签订的，那么该协议通常是无效的。因为分公司注销后，其法律主体资格已经灭失，无法再作为独立的民事主体与他人签订协议。
- 特殊情况：
- 总公司授权或追认：如果该协议是由总公司明确授权并以总公司名义签订，或者注销分公司的总公司事后追认这份协议，那么协议有效，法律责任由总公司承担。
- 表见代理：如果协议是在分公司公章注销之前签订并盖章的，且相对方有理由相信该分公司仍有权签订协议（即构成表见代理），那么该协议也可能仍然有效。但这种情况需要严格的法律证明，比如相对方能够证明其基于以往交易习惯、持有分公司公章等表象，有理由相信签订合同的人员能代表分公司（实际代表总公司）。
三、法律依据
- 《中华人民共和国公司法》第十四条：明确规定分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
- 《中华人民共和国民法典》第一百四十三条：规定了民事法律行为有效的条件，包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律行政法规的强制性规定且不违背公序良俗。这些条件同样适用于分公司签订协议的情况。
- 《中华人民共和国民法典》第一百七十二条：关于表见代理的规定，即行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，相对人有理由相信行为人有代理权的，代理行为有效。
四、实际应用中的建议
- 核查分公司状态：在与分公司签订合同时，务必仔细核查其营业执照及注册状态，确保分公司具备合法的经营资质和民事行为能力。
- 要求总公司确认：如果可能，最好直接与总公司签订合同，或者要求分公司提供总公司的明确授权文件。
- 及时咨询：如遇相关问题或产生纠纷，可以直接向我咨询，以获取准确的法律意见和解决方案。
综上所述，分公司注销后签订的协议一般无效，但在总公司授权或追认、构成表见代理等特定情况下可能有效。在实际操作中，应谨慎对待并严格遵守相关法律法规，以避免潜在的法律风险。