使用已注销的公司公章签订的协议，在一般情况下是无效的，但在特定情况下，如构成表见代理或得到公司追认，协议可能被视为有效。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般情况下协议无效
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。公章作为公司法人意志的体现，是公司对外活动的重要凭证。一旦公章注销，意味着公司常规的意思表示方式失效。
- 使用注销的公章签订协议，无法真实反映公司的当前意愿，不符合合同成立的法定要件。
风险与后果：
- 协议将自始不具有法律效力，对当事人无约束力。协议中约定的权利和义务无法得到法律保障，容易引发纠纷。
- 若公司注销前已合法清算并公告债权人，则注销后不再承担法律责任。此时用注销公章签协议，协议无效且主体不存在，无法追究责任。
特殊情况下的无效性强化：
- 如果公司注销存在违法行为或未经合法清算就擅自注销，相关责任人需承担法律责任。在此情况下使用注销公章签协议同样无效，且可能涉及欺诈等违法行为。
二、特殊情况下协议可能有效
构成表见代理：
- 情形说明：若协议相对人有合理理由相信使用注销公章的行为人有代理权，且不知公章已注销（如公司未及时公告或收回印章），根据《民法典》第一百七十二条，行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，相对人有理由相信行为人有代理权的，代理行为有效，此时协议可能被认定为有效。
- 判断依据：相对人基于以往的交易习惯、行为人在公司的职务等因素，有充分理由相信行为人有权代表公司。
公司追认：
- 情形说明：即使使用注销公章签订协议，如果公司事后通过股东会、董事会等形式明确追认该协议，愿意承担协议义务，则协议视为有效。
- 法律依据：根据《民法典》第一百七十一条，行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，未经被代理人追认的，对被代理人不发生效力；但经被代理人追认后，行为有效。相对人可以催告被代理人自收到通知之日起三十日内予以追认。被代理人未作表示的，视为拒绝追认。
三、建议与防范措施
核实对方身份和资质：
- 在签订协议前，务必仔细核实对方的身份和资质，确保对方具有合法经营资格和签约能力。
及时公告和收回印章：
- 公司应规范公章管理，及时公告公章注销情况，并收回或销毁注销的公章，避免不必要的法律风险。
寻求专业法律意见：
- 如发现对方公司已注销或不具备签约能力，应立即停止协议签订，并寻求专业法律意见，以规避潜在的法律风险。
举例说明：假设A公司已注销，但B公司不知情，仍与持有A公司注销公章的C签订了一份买卖合同。若B公司有合理理由相信C有代理权（如C曾是A公司的业务员，且以往交易中均使用该公章），则可能构成表见代理，合同对A公司（或其清算组、股东等继承主体）产生效力。但若B公司明知A公司已注销仍签订合同，则合同无效。
综上所述，使用已注销的公司公章签订的协议在一般情况下是无效的，但在构成表见代理或得到公司追认的特殊情况下可能有效。因此，在实际操作中应谨慎核查，确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。