针对您提出的“关于工业用地企业违法建设既成事实，如何处理违建部分”的问题，这是一个涉及土地管理和城乡规划的重要议题。根据自然资源部及相关法律法规的规定，我将为您详细阐述处理此类问题的流程和要点。
一、核心原则：“先处罚、后补办”
对于工业用地上的违法建设行为，自然资源部明确要求必须遵循“先处罚、后补办”的原则。这意味着，在补办任何建设用地审批手续之前，必须先行对违法用地行为进行立案查处，完成包括罚款、拆除/没收、责任追究等在内的处罚程序。这一原则旨在遏制违法用地行为，确保土地管理秩序。
二、具体处罚措施
根据违法情节的轻重，处罚措施可能包括：
罚款：根据《土地管理法》及相关条例，对非法占用土地的行为将处以每平方米100-1000元不等的罚款。具体罚款标准可能因地区、土地类型（如耕地、基本农田、非耕地）及违法情节的严重程度而有所不同。
拆除或没收：对于不符合国土空间规划的违法建筑，如占用永久基本农田的，必须拆除并恢复土地原状。对于符合规划的违法建筑，如工业用地未批先用的，可没收后移交地方政府处置。
责任追究：对单位负责人或直接责任人，将移交纪检监察机关或司法机关处理，可能面临行政处分或刑事责任。
三、补办建设用地审批的条件与流程
在完成处罚程序并整改到位后，若符合以下条件，可申请补办建设用地审批手续：
地块规划：地块已纳入国土空间规划确定的建设用地范围。
耕地占补平衡：如涉及耕地占用，需落实耕地占补平衡。
费用缴纳：缴纳土地出让金及相关税费。
无其他违法违规行为：如不与生态保护红线冲突等。
补办流程通常包括：提交行政处罚决定书、罚款缴纳凭证、整改验收证明、用地预审文件等材料，经自然资源部门审核并现场验收后，方可补办手续。
四、特殊情况处理
符合规划但未批先用的项目：若项目符合规划且属民生、基础设施等公益性质，可没收建筑物后补办手续；若属商业开发，则需从严审核。
历史遗留违法用地：对因政策调整或历史原因形成的违法用地，可按“分类处置”政策处理，但仍需履行处罚程序。
五、未履行处罚的后果
若未完成查处程序而试图补办审批，可能面临补办手续无效、法律风险（如二次处罚、刑事责任）及信用惩戒（如被列入“土地市场失信名单”）等严重后果。
六、操作建议
主动配合查处：发现违法后应立即整改，避免被列入重大典型案件公开通报。
精准规划匹配：确保违法地块符合国土空间规划，否则只能拆除。
准备完整材料：补办时需提交齐全的相关证明材料。
综上所述，处理工业用地企业违法建设既成事实的问题，必须严格遵循“先处罚、后补办”的原则，依法进行处罚并整改到位后，方可考虑补办建设用地审批手续。希望这些信息能对您有所帮助。如有进一步疑问或需要具体指导，请随时咨询。