针对您提出的“违法分包处罚金额是以合同总金额还是分包工程合同金额”的问题，我给出以下明确答复：

违法分包的处罚金额是以分包工程合同金额为基础进行计算的。

具体来说，根据《建设工程质量管理条例》的相关规定，对于施工总承包单位或劳务分包单位存在的违法分包行为，处罚金额是依据其违法分包的工程合同价款来确定的。例如，施工总承包单位若违法分包，将面临工程合同价款0.5%以上1%以下的罚款；而劳务分包单位若违法分包，则将面临工程合同价款2%以上4%以下的罚款。这些罚款的计算都是基于违法分包的工程合同金额，而非整个项目的总合同金额。

因此，在处理违法分包问题时，相关执法部门会根据违法分包的具体合同金额来计算出应处的罚款数额。这一规定旨在确保对违法分包行为的处罚既具有威慑力，又能够与实际违法情况相匹配，从而有效维护建筑市场的秩序和公平竞争环境。

若您在此方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。