针对您提出的“违法分包罚款基数是按总合同还是按违法分包合同”的问题，这确实是一个涉及建筑工程领域法律处罚标准的重要疑问。以下是我为您提供的详细解答：

一、违法分包罚款的法律依据

违法分包行为主要受到《中华人民共和国建筑法》、《建设工程质量管理条例》及《房屋建筑和市政基础设施工程施工分包管理办法》等法律法规的规制。这些法规明确规定了违法分包的处罚措施，包括罚款等。

二、罚款基数的确定

1. 《建设工程质量管理条例》的规定：

   • 根据该条例，对施工单位违法分包的处罚是处工程合同价款0.5%以上1%以下的罚款。这里的“工程合同价款”通常指的是违法分包所涉及的工程部分的合同价款，而非整个总合同的价款。也就是说，罚款基数是违法分包合同对应的工程价款。

2. 具体处罚标准的细化：

   • 处罚标准会根据违法行为的情节轻重进行细化。例如，轻微违法行为可能罚款为工程合同价款的0.5%至0.6%；一般违法行为可能罚款为0.6%至0.8%；严重违法行为则可能罚款为0.8%至1%，并可能伴随其他更严厉的处罚措施。

3. 其他相关法规的补充：

   • 《房屋建筑和市政基础设施工程施工分包管理办法》等法规也进一步强调了违法分包的处罚，并指出接受违法分包者也可能面临罚款等处罚。但这些法规同样没有将罚款基数设定为总合同价款，而是针对违法分包行为本身进行处罚。

三、结论与建议

综上所述，违法分包罚款的基数通常是按违法分包合同对应的工程价款来确定的，而非总合同价款。这是因为违法分包行为是针对特定工程部分的违规操作，其罚款应与该部分的工程价款相关联。

对于建筑单位而言，为了避免违法分包行为及其带来的法律处罚，建议：

1. 严格遵守相关法律法规，确保工程分包的合法性和合规性。
2. 加强内部管理，明确分包合同的内容和条款，避免模糊和歧义。
3. 在签订分包合同时，明确约定双方的权利和义务，包括违约责任和处罚措施。
4. 定期对分包行为进行审查和监督，确保分包单位按照合同约定进行施工。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律咨询，请随时告知。