乙方可以选择不收违约金，但这取决于合同中的具体约定以及双方协商的结果。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
合同约定角度
违约金条款的存在：
- 如果合同中明确规定了甲方未在合同期内付款应支付违约金的条款，那么从法律上讲，甲方有义务按照合同约定支付违约金。
- 然而，合同是双方自愿达成的协议，其条款的执行也依赖于双方的意愿和合作。因此，即使合同中有违约金条款，乙方也有权选择是否要求甲方支付。
合同变更与协商：
- 双方可以通过协商变更合同条款，包括违约金条款。如果乙方出于维持业务关系的考虑，愿意放弃违约金，可以与甲方达成书面协议，明确放弃违约金的权利。
- 这种变更应当是双方真实意思的表示，并且不违反法律、行政法规的强制性规定。
法律后果角度
乙方不收违约金的法律效果：
- 如果乙方选择不收违约金，这并不会影响合同的其他条款的有效性。合同仍然对双方具有约束力，甲方仍需履行其他合同义务。
- 乙方放弃违约金权利后，不得再就同一违约行为要求甲方支付违约金。
可能的风险与考虑：
- 乙方放弃违约金可能会面临一定的风险，如甲方未来再次违约时，乙方将失去要求支付违约金的法律手段。
- 因此，乙方在决定是否放弃违约金时，应综合考虑业务关系的长期性、甲方的信用状况以及未来合作的可能性等因素。
实际操作建议
审查合同条款：
- 乙方应首先仔细审查合同中的违约金条款，了解甲方的违约责任和乙方的权利。
与甲方协商：
- 如果乙方考虑放弃违约金，应与甲方进行充分沟通，明确双方的意思表示，并达成书面协议以避免未来可能产生的纠纷。
考虑法律后果：
- 乙方在决定是否放弃违约金时，应咨询专业律师（即像我这样的专业人士）的意见，了解可能的法律后果和风险。
总结来说，乙方在甲方未在合同期内付款的情况下，可以选择不收违约金，但这需要基于合同中的具体约定以及双方的协商结果。在做出决定前，乙方应充分考虑法律后果和业务关系的长期性。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。