当公司发生转让时，劳动关系的处理确实是一个复杂且关键的问题，它直接关系到劳动者的切身利益。以下是对公司转让时劳动关系处理的详细解答：
一、公司转让但主体未发生实质性变化
若公司转让仅涉及股东变更、公司名称变更等，而并未导致用人单位主体发生实质性变化，那么原劳动合同将继续有效。这意味着，用人单位和劳动者需继续按照原合同履行各自的义务，包括但不限于工作内容、工作地点、薪酬待遇等。
二、公司转让导致用人单位主体发生实质性变化
若公司转让导致用人单位主体发生实质性变化，如被其他公司收购、合并等，那么劳动关系的处理将更为复杂。具体步骤如下：
提前告知与协商：
- 原用人单位应提前告知劳动者公司转让的情况，并就劳动合同的变更与劳动者进行协商。
- 协商内容可能包括工作地点、工作岗位、薪酬待遇等关键条款的变更。
签订书面协议：
- 若双方协商一致，应签订书面协议来变更劳动合同的相关内容。
- 书面协议应明确变更后的条款，并由双方签字或盖章确认。
协商不一致的处理：
- 若双方协商不一致，原用人单位应依法支付经济补偿后解除劳动合同。
- 经济补偿的标准通常按照劳动者在本单位工作的年限来计算，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
三、劳动者对劳动关系处理有异议的解决途径
若劳动者对劳动关系处理有异议，可以采取以下途径来维护自身合法权益：
与用人单位协商：
- 劳动者可以首先尝试与用人单位进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
劳动仲裁：
- 若协商不成，劳动者可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁。
- 劳动仲裁机构将依法对争议进行裁决，并出具仲裁裁决书。
诉讼：
- 若劳动者对劳动仲裁结果不满意，还可以向法院提起诉讼。
- 法院将依法对案件进行审理，并作出判决。
四、特殊情况的处理
- 拖欠工资或社会保险：若公司转让过程中涉及拖欠劳动者工资、社会保险等问题，受让方应承担相应责任。劳动者可向受让方主张权利，要求支付拖欠的工资及补缴社会保险。
- 约定未协商一致：若公司转让时约定由受让方承担原企业的劳动权利义务，但未与劳动者协商一致，该约定对劳动者不产生法律效力。劳动者仍有权按照原劳动合同与原用人单位或新用人单位（如已签订新合同）履行各自义务。
综上所述，公司转让时劳动关系的处理需要遵循相关法律法规和法定程序进行操作，确保劳动者的合法权益得到保障。劳动者在面对公司转让时，应了解自己的权益和可能的处理方式，并在必要时寻求法律援助或咨询专业律师。