科室负责人帮助他人违规报销，可能面临行政处分、党纪处分，情节严重的还可能承担刑事责任。具体分析如下：
行政处分：
- 根据《中华人民共和国公职人员政务处分法》的相关规定，公职人员违反规定，有滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊等行为的，根据情节轻重，可给予警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等政务处分。科室负责人作为公职人员，若帮助他人违规报销，属于滥用职权或徇私舞弊的行为，可能受到相应的行政处分。
党纪处分：
- 如果科室负责人是中共党员，其帮助他人违规报销的行为还可能违反党的纪律。根据《中国共产党纪律处分条例》的相关规定，党员有违反规定插手干预市场经济活动、为他人谋取利益等行为的，可给予警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看、开除党籍等党纪处分。
刑事责任：
- 在某些情况下，科室负责人帮助他人违规报销的行为可能构成犯罪。例如，如果其利用职务上的便利，将公款非法占为己有，数额较大的，可能构成贪污罪；如果其与报销人串通，通过虚假报销手段骗取公款，数额较大的，可能构成诈骗罪。一旦构成犯罪，将依法追究刑事责任。
建议：科室负责人应严格遵守法律法规和单位规章制度，不得利用职务之便帮助他人违规报销。如果发现此类行为，应及时向单位纪检监察部门或相关执法机关举报，以维护单位利益和法律法规的严肃性。
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