结论：未将合同客户联交付客户，而是自行留存，可能引发合同效力争议、违约责任及管理风险，具体责任需结合合同条款、行业惯例及实际损失综合判断。以下从法律责任、实务风险及合规建议三个角度展开分析：

一、法律责任分析

1. 合同效力风险
   根据《民法典》第四百九十条，合同自双方签字或盖章时成立。若合同明确约定“一式两份，双方各执一份”，且未交付客户联的行为导致客户无法持有合同原件，可能被认定为未完全履行合同义务。此时，若客户主张合同未成立或未生效，需结合以下因素判断：

   • 合同条款：若合同中未明确约定“交付客户联”为生效要件，则合同仍有效；
     
   • 实际履行：若双方已按合同约定履行主要义务（如付款、交货），可视为合同实际成立。
     

2. 违约责任
   若合同明确约定“应向客户交付合同联”，而未交付的行为构成违约，客户可依据《民法典》第五百七十七条要求：

   • 继续履行：补交合同联；
     
   • 赔偿损失：若因未交付导致客户损失（如无法举证合同内容），需赔偿实际损失。
     

3. 行政处罚风险
   若合同涉及特定行业（如建设工程、金融），未交付合同联可能违反行业监管规定。例如：

   • 建设工程领域：根据《建筑工程施工发包与承包违法行为认定查处管理办法》，未向承包方交付合同可能导致行政处罚；
     
   • 金融领域：未向客户交付合同可能违反《金融机构客户身份识别和客户身份资料及交易记录保存管理办法》。
     

二、实务风险分析

1. 举证责任风险
   若发生纠纷，客户可能主张“未收到合同联导致不知晓合同条款”，从而否认合同内容。此时，需由你方证明已履行交付义务（如通过签收单、邮件确认等）。若无法证明，可能承担不利后果。

2. 管理风险
   自行留存合同联可能导致：

   • 合同丢失：若未妥善保管，可能无法提供合同原件；
     
   • 篡改风险：若合同联未由双方签字确认，可能被质疑内容真实性。
     

三、合规建议

1. 立即补交合同联
   若合同未明确约定交付时间，建议立即向客户补交合同联，并要求客户签收确认，避免后续争议。

2. 完善合同条款
   在合同中明确约定：

   • “本合同一式两份，双方各执一份，自签字或盖章后生效”；
     
   • “交付合同联的方式为（如当面交付、邮寄），签收人为（姓名/职位）”。
     

3. 留存交付证据
   通过以下方式证明已交付：

   • 签收单：要求客户在合同联上签字确认；
     
   • 邮件/短信确认：通过书面形式告知客户合同已交付，并留存沟通记录；
     
   • 录音/录像：若当面交付，可录音录像证明交付过程。
     

4. 行业合规检查
   若合同涉及特定行业，需核查是否违反监管规定。例如：

   • 建设工程合同：需向当地建设主管部门备案；
     
   • 金融合同：需向监管机构报备。
     

总结：未交付合同联的行为虽不必然导致合同无效，但可能引发违约责任、举证风险及行政处罚。建议立即补交合同联，并完善合同条款及交付流程，以降低法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。