周日休息扣钱是否违法，需分情况讨论：
周日为法定休息日且单位实行标准工时制
- 在这种情况下，员工周日正常休息不上班，单位扣钱是不合法的。根据《劳动法》的相关规定，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。员工在法定休息日享有休息的权利，单位无权因员工休息而扣减工资。
周日为单位正常工作日且员工未经请假不上班
- 如果周日是单位的正常工作日，而员工未经请假擅自不上班，这通常被视为旷工行为。在这种情况下，单位根据内部规章制度对员工进行扣钱处罚，一般是合法的。因为员工有遵守单位考勤制度和履行工作职责的义务，无故旷工违反了这些规定。
单位安排员工周日加班但员工拒绝后单位扣钱
- 如果单位安排员工在周日加班，而员工因合理原因拒绝后，单位扣钱是不合法的。除非是因为不可抗力等正当原因无法加班，否则单位不能因员工拒绝加班而克扣工资。单位安排加班应与工会和劳动者协商，并需依法支付加班工资。
法律建议：
- 如果您遇到单位在周日休息时扣钱的情况，首先应确认周日的性质（是法定休息日还是单位正常工作日）以及单位扣钱的具体原因。
- 如果认为单位的扣钱行为不合法，您可以先与单位进行沟通协商，尝试解决问题。
- 如果沟通无果，您可以向当地劳动争议仲裁机构提起申诉，维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果单位违法扣钱，可能会面临劳动争议仲裁机构的裁决，要求单位补发工资并可能支付赔偿金。
- 长期来看，单位若频繁违法扣钱，可能会影响其声誉和员工稳定性，甚至可能引发更广泛的法律纠纷。
总之，判断单位周日扣钱是否合法，关键在于周日的性质以及单位与员工的约定和相关法律规定的遵循情况。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。