针对你提出的问题，即“借款协议中甲方和丙方有股权投资关系，乙方借款用于丙方房产，这样的借款行为是否合法”，以下是我的详细分析：
结论前置：借款行为的合法性主要取决于借款协议的内容、借款双方的意愿、借款资金的来源与用途是否符合法律法规，以及是否存在其他违法情形。甲方和丙方的股权投资关系，以及乙方借款用于丙方房产的事实，并不直接决定借款行为的合法性。
分析说明：
借款协议的内容：借款协议应明确借款金额、借款期限、利率、还款方式等关键条款，且这些条款应符合国家法律法规的规定。如果协议内容存在违法或不合规的条款，如高利贷、欺诈等，那么借款行为可能被视为不合法。
借款双方的意愿：借款行为应基于双方的自愿和真实意思表示。如果任何一方在签订借款协议时存在欺诈、胁迫等违法情形，那么借款行为可能被视为无效或可撤销。
借款资金的来源与用途：乙方借款用于丙方房产，这一用途本身并不违法。但需要注意的是，借款资金的来源应合法，不能是非法所得或违反法律法规的资金。同时，如果借款资金用于非法活动，如洗钱、恐怖融资等，那么借款行为将被视为违法。
甲方和丙方的股权投资关系：这一关系对借款行为的合法性没有直接影响。但需要注意的是，如果甲方和丙方之间的股权投资关系存在违法或不合规的情况，如虚假出资、抽逃出资等，那么这可能会影响到借款协议的履行和借款资金的回收。
综上所述，借款行为的合法性是一个综合判断的过程，需要综合考虑借款协议的内容、借款双方的意愿、借款资金的来源与用途以及是否存在其他违法情形。在你提供的情境中，甲方和丙方的股权投资关系以及乙方借款用于丙方房产的事实，并不直接决定借款行为的合法性。如果你对具体的借款行为存在疑虑或担忧，建议咨询专业的法律人士进行详细的法律咨询和评估。