如果股东恶意扣留公司印章，法人或总经理可以采取以下措施来应对：

首先，需要明确的是，股东私自扣留公司印章并不构成犯罪，但这属于无权占有公司动产的行为。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，权利人可以请求返还原物，即法人或总经理有权要求该股东返还被扣留的印章。

接下来，针对这一行为，法人或总经理可以采取以下具体步骤：

1. 沟通协商：

   • 尝试与扣留印章的股东进行沟通，了解其扣留印章的原因，并寻求通过协商的方式解决纠纷。
   • 如果沟通无果，可以明确告知其扣留印章的非法性，以及可能对公司运营造成的负面影响。

2. 法律途径：

   • 如果协商无果，法人或总经理可以代表公司向法院提起诉讼，要求该股东返还印章，并赔偿因此给公司造成的损失。
   • 在诉讼过程中，可以依据《中华人民共和国公司法》第二十条的规定，主张该股东滥用股东权利，损害了公司和其他股东的利益，要求其承担相应的法律责任。

3. 内部管理措施：

   • 同时，公司也可以考虑加强内部管理，如制定更严格的印章管理制度，明确印章的使用权限和流程，以防止类似事件再次发生。
   • 对于恶意扣留印章的股东，公司还可以考虑依据公司章程或相关协议，对其采取相应的纪律处分或法律追究措施。

综上所述，面对股东恶意扣留印章的情况，法人或总经理应首先尝试通过沟通协商解决问题；如果协商无果，则可以通过法律途径维护公司的合法权益；同时，也可以加强公司内部管理，预防类似事件的再次发生。如果你在这一过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。