针对员工恶意迟到几十次的情况，企业可以采取以下措施进行处理：
依据公司规章制度处理：
- 首先，企业应确认自身的规章制度中是否明确规定了关于迟到的处理措施，包括迟到的次数、时间长度以及相应的处罚方式。若员工的行为违反了公司规章制度，企业有权依据规定对其进行处理，如警告、罚款、扣减奖金或绩效等。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。因此，企业制定的规章制度需合法且经过民主程序，才能作为处理员工的依据。
进行警告与沟通：
- 在处理之前，企业应尝试与员工进行沟通，了解其迟到的原因，是否是因为个人困难、交通问题或其他特殊情况。如果是可以理解的原因，企业可以考虑给予一定的宽限期或帮助。但如果员工无正当理由频繁迟到，企业应明确告知其行为的严重性，并发出书面警告，要求其改正。
考虑解除劳动合同：
- 如果员工在收到警告后仍然继续恶意迟到，且其行为严重违反了公司的规章制度，企业可以考虑依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，解除与该员工的劳动合同。但在此之前，企业应确保已经履行了必要的程序，如再次警告、记录迟到情况等，并保留好相关证据。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：…（二）严重违反用人单位的规章制度的；…。因此，在员工严重违反规章制度的情况下，企业有权解除劳动合同。
注意法律风险：
- 在处理过程中，企业应确保所有措施都符合法律法规的要求，避免因为处理不当而引发劳动争议或法律风险。例如，企业不能随意扣除员工的工资或进行其他违法的处罚。
- 建议：企业在处理此类问题时，可以咨询专业的法律人士或劳动仲裁机构，以确保处理方式的合法性和有效性。
针对此情况，企业还可以采取以下预防措施：
- 完善考勤制度：企业应制定明确的考勤制度，包括迟到、早退、旷工等行为的定义和处罚措施，并确保员工都了解并同意这些制度。
- 加强员工教育：通过培训、会议等方式，加强员工对时间管理和职业操守的教育，提高员工的自律性和责任感。
- 建立激励机制：对于表现优秀的员工，企业可以给予一定的奖励和激励，以鼓励员工遵守规章制度，提高工作效率。
最后，需要强调的是，每个员工的情况都是不同的，企业在处理时应根据具体情况进行灵活应对。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。