结论前置：针对员工迟到100多次的情况，处理方式需综合考虑公司规章制度、劳动合同约定以及相关法律法规，一般可采取警告、罚款、扣减绩效、解除劳动合同等措施，但需确保程序合法合规，避免引发劳动纠纷。以下从多个角度详细分析：
一、依据公司规章制度处理
规章制度制定与公示：
- 公司应制定明确的考勤管理制度，规定迟到、早退等行为的处理方式和标准，如迟到多少次或累计迟到多少时间将给予何种处罚。
- 规章制度需经过民主程序制定，并向员工公示或告知，确保员工知晓并同意遵守。
执行处罚措施：
- 根据规章制度，对迟到100多次的员工进行相应处罚，如警告、罚款、扣减绩效等。
- 处罚需有书面记录，并要求员工签字确认，以备后续可能的劳动纠纷。
二、依据劳动合同约定处理
劳动合同内容：
- 检查劳动合同中是否有关于迟到、旷工等行为的处理条款，如约定迟到达到一定次数或时间，公司有权解除劳动合同。
- 若劳动合同中有明确约定，且员工行为符合解除条件，公司可依据合同约定解除劳动合同。
解除劳动合同程序：
- 解除劳动合同需遵循法定程序，如提前通知员工、听取员工意见、出具解除劳动合同证明等。
- 确保解除劳动合同的理由充分、程序合法，避免被认定为违法解除。
三、依据相关法律法规处理
《劳动法》与《劳动合同法》：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，员工应遵守公司的规章制度和劳动合同约定，按时上下班。
- 若员工严重违反公司规章制度或劳动合同约定，公司有权解除劳动合同。
解除劳动合同的合法性：
- 解除劳动合同需基于合法、合理的事由，且程序需符合法律法规规定。
- 若公司解除劳动合同的理由不充分或程序不合法，员工有权要求公司继续履行劳动合同或支付赔偿金。
四、处理建议与风险防范
处理建议：
- 在处理迟到员工时，公司应首先与员工进行沟通，了解迟到原因，尝试通过教育、警告等方式纠正员工行为。
- 若员工行为持续不改，公司可根据规章制度和劳动合同约定进行处罚，直至解除劳动合同。
风险防范：
- 公司在处理迟到员工时，需确保规章制度和劳动合同约定的合法性、合理性，避免侵犯员工合法权益。
- 解除劳动合同前，公司应充分收集证据，证明员工行为符合解除条件，且程序合法合规。
- 若可能引发劳动纠纷，公司可提前咨询专业律师，制定应对策略。
示例说明：假设某公司员工张三迟到100多次，公司首先检查了考勤管理制度和劳动合同，发现均有关于迟到行为的处理条款。公司随后与张三进行沟通，了解迟到原因，并给予警告和罚款处理。但张三行为持续不改，公司最终依据规章制度和劳动合同约定解除了与张三的劳动合同，并确保了解除程序的合法合规性。
后续行动建议：若您在处理此类问题时遇到具体困难或疑问，如规章制度制定、劳动合同解除程序等，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。