应届生双方协议中的拼多多违约金是否必须交，需视具体情况而定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、协议中有明确违约金条款且合规有效
若协议明确规定违约事件及违约金标准，且此类规定具有合规性及有效性，那么当发生违约事件时，应届生可能需要按照相关条款履行责任并支付相应的违约金。这是基于民事合同的基本原则，即合同双方应当按照约定履行自己的义务。
违约金数额的合理性：如果违约金数额远超对方因违约行为所遭受的实际经济损失，应届生有权请求法院或仲裁机构适当调低违约金数额。根据《民法典》的相关规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以减少。
二、协议中无明确违约金条款或条款存在瑕疵
若协议中并未明确提及违约金事项，而相对方（如拼多多）也无法提供有效证据证实由于应届生的违约行为给他们带来了实质性的经济损失，那么应届生往往不必承担违约金的赔偿责任。
协议存在无效或可撤销情形：如果协议的订立过程中存在欺诈、胁迫等不正当方式，或者协议内容违反法律法规的强制性规定和公序良俗，那么相关违约金条款可能失效。在这种情况下，应届生无需承担违约金责任。
三、特殊情况下的免责情形
不可抗力因素：如果因不可抗力等不可预见、不可避免且不可克服的客观情况导致应届生无法履行协议，那么应届生可以部分或全部免除违约责任。例如，因自然灾害、政府行为等导致应届生无法按原协议入职。
用人单位过错：如果因用人单位（如拼多多）的过错导致协议无法履行，应届生甚至可能无需缴纳违约金。例如，用人单位未按协议提供岗位、未按时支付报酬等。
法律建议
全面审查协议条款：应届生在签署双方协议前，应全面审查协议的具体条款，特别是关于违约责任和违约金的规定。确保自己理解并同意这些条款，避免后续产生纠纷。
保留相关证据：在协议履行过程中，应届生应保留与协议相关的所有证据，如协议文本、沟通记录、支付凭证等。这些证据在后续可能发生的纠纷中具有重要的证明作用。
及时沟通协商：如果应届生确实需要违约，应及时与用人单位沟通协商，争取达成和解或调整协议条款。避免因单方面违约而承担不必要的法律责任。
寻求法律帮助：如果应届生对协议条款或违约责任有疑问，或者在与用人单位协商过程中遇到困难，可以寻求专业律师的法律帮助。律师可以提供专业的法律意见和协助，帮助应届生维护自己的合法权益。
综上所述，应届生双方协议中的拼多多违约金是否必须交，需根据协议的具体条款、签署过程以及实际情况进行综合判断。应届生在签署协议前应全面审查条款，保留相关证据，并在需要时及时沟通协商或寻求法律帮助。