公司限制员工兼职的合法性取决于多个因素，以下分情况详细说明：
规章制度明确且程序合法
- 合法情况：若公司在其合法制定的规章制度中明确规定了禁止员工兼职的条款，并且该规章制度的制定经过了民主程序（如职工代表大会讨论），同时已向全体员工公示告知，那么公司限制员工兼职是合法的。规章制度中应清晰说明禁止兼职的理由，如防止利益冲突、保障工作效率等，以确保规定的合理性。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位有权依法制定规章制度，并要求员工遵守。
劳动合同中有相关约定
- 合法情况：若员工与公司签订的劳动合同中包含了禁止兼职的条款，且该条款内容不违反法律、法规的规定，是双方自愿协商一致的产物，那么公司限制员工兼职也是合法的。
- 法律依据：劳动合同是双方自愿协商一致的结果，具有法律约束力。
涉及商业秘密和竞业限制
- 合法情况：若员工兼职的工作与本公司存在竞争关系，可能泄露公司商业秘密或违反竞业限制协议，那么公司有权禁止员工兼职，以保护自身合法权益。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以约定竞业限制条款，劳动者在竞业限制期限内不得到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位工作，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务。
缺乏明确规定或程序不合法
- 不合法情况：若公司没有通过合法有效的规章制度或劳动合同对兼职问题作出明确禁止，或者规章制度、劳动合同的制定程序不符合法律规定（如未经民主程序或未向员工公示告知），那么公司限制员工兼职则可能不合法。
- 风险提示：公司应确保其规章制度和劳动合同的制定程序合法有效，以避免因程序不合法而导致的法律风险。
侵犯员工基本权益
- 不合法情况：若禁止兼职的规定严重侵犯了员工的合理权益，如限制了员工利用业余时间从事合法、无害的兼职活动，且禁止兼职缺乏正当理由和合理必要性，那么公司限制员工兼职则属于对员工权利的不合理限制，可能不合法。
- 风险提示：公司在制定规章制度时，应充分考虑员工的合理权益，避免制定过于苛刻或不合理的规定。
员工应对措施：
- 若员工认为公司禁止兼职的规定不合理或侵犯了自己的权益，首先应与公司进行沟通协商，尝试解决分歧。
- 若协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉，寻求法律援助或提起劳动仲裁等法律途径来维护自身权益。
总结与建议：
- 公司禁止员工兼职的合法性取决于多个因素，包括规章制度、劳动合同、商业秘密和竞业限制以及员工权益等。
- 在实际操作中，公司应确保禁止兼职的规定符合法律法规，并尊重员工的合理权益。
- 员工在考虑兼职时，应仔细审查自己的劳动合同和公司规章制度，确保兼职行为不违反任何规定。
- 如有任何疑问或遇到问题，建议直接向我咨询，以获取准确的法律意见和帮助。