结论：房东将有营业执照的店铺租给租客，这一行为本身并不违法，但需满足一定条件并遵守相关法律法规。
法律分析：
租赁合同的有效性：
- 房东与租客之间的租赁合同，只要双方意思表示真实，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，即具有法律效力。营业执照的存在与否，并不直接影响租赁合同的效力。
营业执照的转让与使用：
- 营业执照是工商行政管理机关发给工商企业、个体经营者的准许从事某项生产经营活动的凭证。它本身并不属于可租赁或转让的财产。
- 如果租客希望继续使用原店铺的营业执照进行经营活动，这通常涉及到营业执照的变更或重新申请，而非简单的租赁。因为营业执照上的经营者信息（如名称、地址、负责人等）需要与实际经营情况相符。
- 房东无权将营业执照作为租赁物的一部分租给租客使用。如果租客需要使用营业执照，应当自行向工商行政管理部门申请或办理变更手续。
合规性要求：
- 房东在出租店铺时，应确保店铺的合法性和合规性，包括但不限于房屋产权的清晰、消防安全的达标、环保要求的满足等。
- 租客在承租店铺后，也应遵守相关法律法规，合法经营，不得利用租赁的店铺从事违法活动。
潜在的法律风险：
- 如果房东或租客在租赁过程中违反了相关法律法规，如未经许可擅自转让或使用营业执照、从事违法经营活动等，都可能面临法律制裁，包括但不限于罚款、吊销营业执照、承担刑事责任等。
建议与后果：
- 对于房东：在出租有营业执照的店铺时，应明确告知租客营业执照的使用规定和限制，避免产生误解或纠纷。同时，应确保店铺的合法性和合规性，以减少潜在的法律风险。
- 对于租客：在承租店铺前，应仔细了解店铺的产权情况、营业执照的使用规定等，确保自己的经营活动合法合规。如果需要使用营业执照，应自行向工商行政管理部门申请或办理变更手续。
- 法律后果：如果房东或租客违反了相关法律法规，将可能面临法律制裁和声誉损失。因此，双方应严格遵守法律法规，确保租赁活动的合法性和合规性。
特殊情况说明：
- 如果房东与租客之间约定，由房东协助租客办理营业执照的变更或重新申请手续，并明确约定了双方的权利和义务，这种约定本身并不违法。但需要注意的是，营业执照的最终审批权在工商行政管理部门，房东无法保证租客一定能成功获得营业执照。
总结：房东将有营业执照的店铺租给租客并不直接违法，但需确保租赁活动的合法性和合规性，并遵守相关法律法规。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。