针对您提出的“邻居搭建棚子挡卫生间窗户有两年了现在起诉可以吗”这一问题，我的结论是：您现在起诉是可以的，但需要注意诉讼时效以及证据收集等问题。以下是我从不同角度为您进行的分析：

1. 诉讼时效角度：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间一般为三年。虽然您的邻居搭建棚子已经两年了，但并未超过诉讼时效，因此您现在起诉在法律上是可行的。不过，为了确保您的权益得到及时保护，建议尽快采取行动。

2. 证据收集角度：

   • 在起诉前，您需要收集充分的证据来证明邻居搭建的棚子确实挡住了您的卫生间窗户，并且对您造成了实际的影响或损害。这些证据可以包括照片、视频、证人证言等。证据越充分，您在诉讼中的胜算就越大。

3. 法律后果角度：

   • 如果法院认定邻居搭建的棚子确实侵犯了您的合法权益，那么法院可能会判决邻居拆除棚子或采取其他补救措施，并可能要求邻居赔偿您因此遭受的损失。但需要注意的是，法律后果的具体情况将取决于法院的判决以及双方当事人的具体情况。

4. 实际操作建议：

   • 在起诉前，您可以先尝试与邻居进行协商，看是否能够达成和解。如果协商无果，再考虑通过法律途径解决纠纷。
   • 在起诉时，建议您聘请一位专业的律师来代理您的案件。律师可以帮助您准备起诉材料、收集证据、参与庭审等，提高您的胜诉几率。

综上所述，您现在起诉邻居搭建棚子挡卫生间窗户的问题是可以的，但需要注意诉讼时效以及证据收集等问题。如果您有任何进一步的疑问或需要法律帮助，请随时向我咨询。