针对您提出的“先修农灌用水后修商业用水有争议谁有理”的问题，我们可以从以下几个角度进行分析：

结论前置

该问题的核心在于判断两种用水设施的修建顺序是否构成侵权或违约，以及谁应享有优先权。这需要根据具体的法律法规、合同约定及实际情况来综合判断。

角度一：法律法规层面

1. 水资源管理法规：我国对于水资源的管理有严格的法律法规，包括水资源的分配、使用、保护等方面。如果农灌用水和商业用水均符合相关法律法规的规定，且均获得了相应的用水许可，那么修建顺序本身并不构成违法。
2. 土地用途规划：土地用途的规划也会影响到用水设施的修建。如果商业用水设施的建设符合土地用途规划，且未对农灌用水造成实质性影响，那么其修建也是合法的。

角度二：合同约定层面

1. 用水协议：如果双方（或多方）之间就用水问题签订了协议，那么应严格按照协议执行。协议中应明确用水的性质、用量、时间、地点等关键信息，以及双方的权利和义务。
2. 修建顺序约定：如果协议中明确规定了用水设施的修建顺序，那么应遵守该约定。如果未明确约定，则需要根据其他条款及实际情况来判断。

角度三：实际情况层面

1. 对农灌用水的影响：商业用水设施的修建是否对农灌用水造成了实质性影响，如水量减少、水质恶化等。如果造成了影响，那么商业用水方可能需要承担相应的责任。
2. 历史用水情况：历史用水情况也是判断的一个重要依据。如果历史上农灌用水一直优先于商业用水，且双方均无异议，那么这一习惯做法也应得到尊重。

综合判断

在综合考虑法律法规、合同约定及实际情况后，我们可以得出以下结论：

1. 如果双方均符合法律法规的规定，且未违反任何合同约定，那么修建顺序本身并不构成争议。
2. 如果存在合同约定或历史习惯做法，应优先遵守。
3. 如果商业用水设施的修建对农灌用水造成了实质性影响，那么商业用水方可能需要承担相应的责任，并与农灌用水方协商解决。

因此，无法简单地判断“谁有理”，而需要根据具体情况进行综合分析。如果您遇到了类似的争议，建议尽快咨询专业律师，以便得到更具体的法律建议。