针对水利设施管道经过别村耕地，为防止以后维修纠纷，可采取以下措施：

1. 签订书面协议：

   • 与耕地所有者（即别村村民或村委会）签订书面协议，明确管道的位置、走向、使用期限、维修责任等关键条款。
   • 协议中应详细规定在管道维修时，双方的权利与义务，包括但不限于维修通知、维修期间的耕地使用、赔偿或补偿机制等。

2. 办理相关审批与登记手续：

   • 确保水利设施管道的建设符合当地土地管理、水利等相关法律法规的要求，办理必要的审批手续。
   • 对管道进行登记备案，以便在后续维修或管理中，有明确的法律依据和记录可查。

3. 建立沟通机制：

   • 与耕地所有者建立长期、有效的沟通机制，确保在管道出现问题或需要维修时，能够及时通知并协商解决方案。
   • 定期组织会议或进行实地考察，了解管道的运行状况及耕地使用情况，预防潜在纠纷。

4. 预留维修空间与标识：

   • 在管道铺设时，应预留足够的维修空间，避免在维修时对耕地造成不必要的破坏。
   • 在管道沿线设置明显的标识牌，标明管道位置、用途及维修联系方式，以便在紧急情况下能够迅速联系到相关人员。

5. 考虑购买保险或设立维修基金：

   • 为防止因管道维修而产生的意外损失或纠纷，可考虑购买相关保险，以转移风险。
   • 设立专门的维修基金，用于管道的日常维护与紧急维修，确保维修工作的顺利进行。

如有任何关于水利设施管道建设、使用或维修方面的法律问题，可直接向我咨询。