农业局认定商品薯当种子进行执法是不恰当的。下面我将从几个方面详细解释这一结论：
执法权限与范围：
- 农业局作为行政机关，其执法权限和范围通常受到法律法规的严格限定。
- 商品薯和种子在农业生产和流通中属于不同的产品类别，分别受到不同的法律法规监管。
- 农业局在执法时，应严格依据相关法律法规，对属于其监管范围内的违法行为进行查处。
商品薯与种子的区别：
- 商品薯是指用于食用的马铃薯等薯类作物，而种子则是用于播种、繁殖的植物生殖体。
- 两者在用途、性质、管理要求等方面存在显著差异。
- 将商品薯当作种子来销售或种植，可能违反种子管理的相关法律法规，但这一行为应由具有相应执法权限的部门来查处。
执法的合法性与合理性：
- 农业局在执法时，必须确保其行为符合法律法规的规定，不能超越权限或滥用职权。
- 将商品薯当作种子进行执法，可能涉及对商品薯和种子的混淆，导致执法行为缺乏合法性和合理性。
- 正确的做法应该是，如果发现有将商品薯当作种子销售或种植的行为，农业局可以依法向相关部门移送案件线索，由具有相应执法权限的部门进行处理。
综上所述，农业局认定商品薯当种子进行执法是不恰当的。如果遇到相关问题，建议向当地农业主管部门或法律专业人士咨询，以确保执法的合法性和准确性。如果你有其他法律问题，可以直接向我提问，我会尽力为你提供帮助。