对于没有合法手续的水井，处理方式主要依据相关法律法规进行，并需考虑实际情况。以下是一些建议的处理步骤：

一、明确水井的合法性

首先，需要确认水井是否确实没有合法手续。这包括检查是否有《取水许可证》或其他相关审批文件。如果水井确实没有合法手续，那么就需要按照相关法律法规进行处理。

二、依据法律法规处理

1. 责令停止违法行为：

   • 根据相关法律法规，对于没有合法手续的水井，相关部门可以责令水井使用者或所有者立即停止违法行为，即停止非法取水。

2. 强制封闭水井：

   • 为了防止继续非法取水，相关部门可以依法对水井进行强制封闭。这通常涉及使用专业设备和技术来封闭井口，确保水井不再被使用。

3. 拆除水利设施：

   • 如果水井周围建有相关的水利设施（如水泵、水管等），并且这些设施也是用于非法取水的，那么相关部门可以依法拆除这些设施。

4. 恢复原状：

   • 在封闭水井和拆除水利设施后，相关部门可以要求水井使用者或所有者将土地恢复原状，以确保土地能够再次被合理利用。

5. 罚款：

   • 根据相关法律法规，对于非法取水行为，相关部门可以对水井使用者或所有者处以罚款。罚款的具体金额通常根据违法行为的严重程度和相关法律法规的规定来确定。

6. 移送司法机关：

   • 如果非法取水行为情节严重，涉嫌犯罪，那么相关部门可以将案件移送司法机关进行处理。这通常涉及刑事责任的追究。

三、考虑实际情况

在处理没有合法手续的水井时，还需要考虑实际情况。例如，如果水井是当地村民用于家庭生活的唯一水源，并且当地供水管网尚未覆盖或水量供应不足，那么相关部门在处理时可以更加灵活和人性化。在这种情况下，可以考虑将水井作为备用井保留，并加强监管，确保水井的使用符合相关法律法规的规定。

四、加强监管和宣传

为了防止类似情况的再次发生，相关部门应加强监管力度，定期对地下水资源的利用情况进行检查和评估。同时，还应加强宣传教育工作，提高公众对水资源保护和合理利用的认识和意识。

综上所述，对于没有合法手续的水井，应依据相关法律法规进行处理，并考虑实际情况进行灵活处理。同时，加强监管和宣传教育工作也是必不可少的。