结论：公司租用土地，若土地为村合作社集体所有并由其出租，村集体（通常通过村合作社）一般会按照一定比例或金额留取部分租金，但具体留取方式和比例需依据合同约定、法律规定及村集体内部决策程序确定。以下是详细分析：

1. 合同约定优先
   若公司（承租方）与村合作社（出租方）签订的租赁合同中明确约定了租金分配方式（如村集体留取比例、用途等），则双方应严格按照合同履行。例如，合同可能规定“租金总额的20%归村集体所有，用于公共设施维护”，此时村集体有权按约定留取资金。

2. 村集体内部决策程序
   根据《村民委员会组织法》等相关规定，村集体土地出租及租金分配需经村民会议或村民代表会议讨论决定。若村集体通过合法程序决定留取部分租金用于公共事务（如修路、水利建设等），则该行为具有合法性。但需注意：

   • 决策程序需符合法定要求（如参会人数、表决比例等）；
   • 留取资金用途应公开透明，接受村民监督。

3. 法律限制与底线
   村集体留取租金需遵守以下法律原则：

   • 不得损害承租方合法权益：租金分配方式需在合同中明确，不得单方面变更或克扣；
   • 用途合法：留取资金应用于村集体公共利益，不得挪作私人用途；
   • 比例合理：若合同未约定具体比例，村集体留取部分应基于公平原则，避免过度侵占承租方利益。

4. 特殊情形：土地所有权归属
   若土地属于国家所有（如国有农场土地），仅由村集体代管或使用，则村集体无权自行留取租金，需将全部租金上缴国家或按授权用途使用。此时需核查土地权属证明（如《国有土地使用证》）。

建议：

• 公司作为承租方，应在签订合同前要求村合作社提供土地权属证明、村民会议决议等文件，明确租金分配方式；
• 若发现村集体违规留取租金（如未履行决策程序、用途不合法），可要求其返还或通过法律途径解决；
• 涉及复杂权属或分配争议时，建议委托律师核查合同效力及村集体决策合法性。

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。