针对您提出的“单位犯罪主要责任人死亡能否作不起诉”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

一、单位犯罪中主要责任人死亡的法律后果

在单位犯罪中，如果直接责任人员（即主要责任人）死亡，根据刑事诉讼法的相关规定，不再追究其刑事责任。这是因为，刑事诉讼的目的是对犯罪嫌疑人或被告人进行定罪量刑，而当犯罪嫌疑人或被告人死亡时，这一目的已无法实现。因此，对于已死亡的犯罪嫌疑人或被告人，若已追究其刑事责任，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪。

二、单位犯罪的认定与处理不受影响

主要责任人的死亡，并不影响对单位犯罪的认定与处理。司法机关仍会依法对单位犯罪行为进行侦查、起诉和审判。单位作为犯罪主体，仍需承担相应的刑事责任，可能被判处罚金。这是因为，单位犯罪是单位整体的行为，而非某个个人的行为，因此单位的刑事责任不会因某个个人的死亡而免除。

三、其他责任人员的追究

若单位犯罪还涉及其他直接负责的主管人员和其他直接责任人员，对这些人员该追究刑事责任的仍会依法追究。这是因为，单位犯罪往往涉及多个责任人员，每个责任人员都应根据其职责和行为承担相应的刑事责任。

四、具体案例分析

以某单位在业务经营中存在违法犯罪行为为例，经司法机关调查，认定小何作为该单位直接责任人员参与其中。然而，在司法机关追究刑事责任过程中，小何不幸死亡。此时，对于小何，由于他已死亡，司法机关将不再追究其刑事责任，若已追究，则应当撤销案件、不起诉、终止审理或宣告无罪。但对于该单位以及其他直接负责的主管人员和其他直接责任人员，司法机关仍会依法进行追究。

五、结论

综上所述，在单位犯罪中，如果主要责任人死亡，司法机关将不再追究其刑事责任，但这并不影响对单位犯罪的认定与处理，也不影响对其他责任人员的追究。因此，对于您提出的问题，答案是：在单位犯罪中，主要责任人死亡时，可以对其作不起诉决定，但这并不免除单位的刑事责任以及其他责任人员的刑事责任。