核心结论：员工仅工作3天且未按规定流程离职的，用人单位可依据规章制度处理，但需注意合法性及合理性，避免引发劳动争议。具体处理方式需结合员工行为性质、公司制度及法律规定综合判断。以下是详细分析：

1. 员工行为性质认定

• 未履行离职手续：员工未按规定流程离职（如未提前通知、未办理工作交接等），属于违反公司规章制度的行为。但需区分是“故意违反”还是“因不知情或疏忽导致”。
• 短期用工特殊性：员工仅工作3天，可能处于试用期或临时用工状态，此时需结合劳动合同或录用协议中的约定处理。若未签订书面合同，则需依据《劳动合同法》中关于事实劳动关系的规定处理。

2. 公司制度依据

• 规章制度合法性：公司需有明确的离职流程规定，且该制度已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示给员工。若制度不合法或未公示，则不能作为处理依据。
• 处罚措施合理性：即使员工违规，公司也不能随意扣发工资或要求赔偿。根据《工资支付暂行规定》，用人单位不得克扣劳动者工资，除非因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，且扣除部分不得超过当月工资的20%。

3. 法律风险防范

• 避免违法解除：若公司以员工未按规定离职为由直接解除劳动合同，可能构成违法解除，需支付赔偿金（半个月工资）。建议优先通过沟通协商解决，如要求员工补办手续或承担合理损失。
• 证据固定：公司应保留员工未履行离职手续的证据（如考勤记录、工作交接单、通知记录等），以备后续争议。

4. 操作建议

• 沟通协商：优先与员工联系，明确告知其未履行离职手续的后果，要求其配合补办手续或承担合理费用（如未交接导致公司损失的部分）。
• 制度完善：若此类情况频繁发生，建议修订离职流程制度，明确短期用工的离职要求及违约责任，并通过培训、签收等方式确保员工知晓。
• 法律途径：若员工拒不配合且造成公司损失，可依据《劳动合同法》第90条要求其赔偿，但需证明损失与员工行为存在直接因果关系。

总结：处理此类问题时，公司应兼顾制度刚性与管理柔性，避免因小失大引发劳动争议。如有具体案例或制度条款需要进一步分析，可直接向我咨询。