单位明知您方存在劳动关系，还与您方签订劳务派遣协议，这样的协议是否有效，需分情况讨论：
协议整体有效的情况：
- 通常情况下，用工单位和劳务派遣单位签订的协议属于民事合同范畴。只要协议内容不违反法律法规的强制性规定，不存在欺诈、胁迫、恶意串通等导致合同无效的情形，且是双方真实意思表示，该协议就具有法律效力。
- 如果协议中明确约定了派遣岗位、派遣期限、劳动报酬等关键事项，并且这些约定符合法律法规的规定，没有排除劳动者的合法权利，那么这样的协议整体上是有效的。
协议部分条款无效或整体无效的情况：
- 如果协议中存在排除劳动者权利、违反同工同酬等法律强制规定的条款，这些条款可能会被认定为无效。例如，协议中规定劳动者不享受社会保险、福利待遇，或者规定劳动者的工资低于当地最低工资标准等，这些条款都是违法的，无效的。
- 在极端情况下，如果协议的主要内容或目的违反了法律法规的强制性规定，或者存在严重的欺诈、胁迫等情形，那么整个协议可能会被认定为无效。例如，用工单位和劳务派遣单位恶意串通，以劳务派遣的形式掩盖真实的劳动关系，从而逃避法律责任，这样的协议就是无效的。
法律建议：
- 如果您发现协议中存在违法或侵犯您权益的条款，建议您及时与用工单位和劳务派遣单位沟通，要求修改或删除这些条款。
- 如果沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 在处理此类纠纷时，建议您保留好相关证据，如协议文本、工资单、工作证等，以便在需要时提供证明。
可能的法律后果：
- 如果协议被认定为部分无效，那么无效的部分将不产生法律效力，但不影响其他有效部分的履行。
- 如果协议被认定为整体无效，那么用工单位和劳务派遣单位可能需要承担相应的法律责任，如支付劳动者应得的工资、社会保险等费用，并可能面临行政处罚。
总之，单位明知您方存在劳动关系还签订劳务派遣协议的有效性需根据协议内容、签订过程及法律法规综合判断。如有疑问或发现违法条款，请及时咨询并采取措施维护自身权益。