在行政诉讼中，若法院认定部门规章违法，其处理方式主要依据违法程度及对行政相对人权益的影响，具体处理原则与方式如下：
判决撤销或部分撤销并重新作出行政行为
- 适用情形：根据《行政诉讼法》第七十条，若部门规章存在主要证据不足、适用法律错误、违反法定程序、超越职权、滥用职权或明显不当等情形，法院将判决撤销或部分撤销该规章，并可要求制定机关在一定期限内重新制定合法的规章。此规定旨在确保部门规章的合法性与正当性。
- 特别说明：制定机关在重新制定规章时，需严格遵循法定程序，确保新规章的合法性和合理性，避免再次出现违法情形。
判决确认违法行为但不撤销
- 适用情形：依据《行政诉讼法》第七十四条，若部门规章依法应撤销但撤销会给国家利益或社会公共利益造成重大损害，或规章程序轻微违法且对行政相对人权利不产生实际影响，法院将判决确认该规章违法，但保留其法律效力。此举旨在平衡行政效率与公共利益之间的关系。
- 后续影响：虽然规章被确认违法但未被撤销，但制定机关仍需对规章进行审查和修正，以消除违法因素，防止对行政相对人权益造成进一步损害。
判决确认规章无效
- 适用情形：根据《行政诉讼法》第七十五条，若部门规章存在实施主体不具有行政主体资格或没有依据等重大且明显违法情形，原告可申请确认该规章无效，法院将依法判决确认无效。此类情况涉及规章的根本合法性问题，必须予以严格审查。
- 法律后果：规章被确认无效后，自始不具有法律效力，制定机关需立即停止执行该规章，并重新制定合法的规章。
除了上述法院的判决方式外，还可能涉及以下后续影响及救济措施：
制定机关内部处理
- 对于导致部门规章违法的责任人员，制定机关将依据相关法规，给予行政处分，如警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等，以维护行政纪律和公信力。
赔偿责任
- 根据《国家赔偿法》，若制定机关及其工作人员在制定规章时因违法行为侵犯公民、法人或其他组织合法权益造成损害，受害人有权获得赔偿。对于因规章违法给当事人造成的实际损失，当事人可在行政诉讼中一并提出行政赔偿请求，由法院依法判决制定机关承担赔偿责任。
在实际操作中，若遇到法院认定部门规章违法的情况，建议采取以下措施：
- 及时关注法院判决：密切关注法院对部门规章违法性的认定及判决结果，以便及时采取应对措施。
- 与制定机关沟通：在法院判决后，及时与制定机关沟通，了解其重新制定规章的计划和进度，确保新规章的合法性和合理性。
- 寻求法律救济：若因部门规章违法导致自身权益受损，可依法向法院提起行政诉讼或申请行政复议，寻求法律救济。
如有任何关于行政诉讼中部门规章违法处理的疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。