在行政诉讼中，若发现作为行政行为依据的规章不符合上位法规定或存在其他违法情形，可通过以下法律程序和救济途径维护合法权益：

1. 诉讼阶段直接提出合法性审查请求

根据《行政诉讼法》第53条及第64条，公民、法人或其他组织在起诉时，可一并提出对规章以下规范性文件的附带审查请求。具体操作如下：

• 请求范围：仅限审查行政行为所依据的国务院部门规章和地方政府规章（不包括法律、行政法规及地方性法规）。
  
• 审查内容：规章是否存在与上位法（如法律、行政法规）冲突、违反法定程序、超越权限制定等情形。
  
• 程序要求：需在起诉状或答辩状中明确提出审查请求，并说明理由。法院将依职权审查，若认定规章违法，不作为认定行政行为合法的依据，但无权直接撤销或修改规章。

2. 通过行政复议程序间接推动审查

若行政行为未经诉讼，可先申请行政复议，并依据《行政复议法》第12条、第13条，要求复议机关对规章的合法性进行审查。复议机关若认为规章违法，可按程序处理：

• 层级上报：复议机关无权直接撤销规章，但可向制定机关提出修改或废止建议，并抄送国务院或地方政府法制机构。
  
• 中止复议：若规章合法性存疑且直接影响案件结果，复议机关可中止审理，待规章问题解决后恢复。

3. 启动立法监督程序

若规章存在重大违法情形，可通过以下途径推动立法机关介入：

• 向制定机关提出书面建议：根据《规章制定程序条例》第35条，任何单位或个人可向规章制定机关提出修改或废止建议，制定机关需在60日内反馈处理结果。
  
• 请求国务院或地方政府法制机构审查：若规章涉嫌违反上位法，可向国务院法制办或省级政府法制办提出审查请求，由其启动合法性审查程序。
  
• 人大监督：通过人大代表提出议案，要求人大常委会对规章进行合法性审查。

4. 诉讼中的策略性应对

• 证据提交：在诉讼中提交上位法条文、立法解释、司法解释等证据，证明规章与上位法冲突。
  
• 类案参考：引用最高人民法院发布的指导性案例或公报案例，支持对规章合法性的质疑。
  
• 专家意见：必要时可申请专家辅助人出庭，对规章的合法性、合理性进行专业论证。

风险提示

• 审查范围限制：法院仅审查规章的合法性，不审查合理性（如政策适当性）。
  
• 程序衔接：若通过诉讼提出审查请求，需在法定起诉期限内提出，逾期可能丧失机会。
  
• 结果效力：即使法院认定规章违法，也仅影响个案判决，不直接导致规章被撤销或修改。

建议：若发现规章违法，应优先在诉讼中提出附带审查请求，并同步通过行政复议、立法监督程序多管齐下。具体操作需结合案件事实和证据，建议提供详细材料后进一步分析。