结论：厂里上班吃饭休息时间一个小时，超时两分钟是否算违法，需结合具体情况判断，一般情况下，短暂超时并不直接构成违法，但若因此导致员工权益受损或违反劳动合同约定，则可能涉及法律问题。
一、从法律规定角度分析
工作时间与休息时间：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时。同时，劳动者有享受休息和休假的权利。
- 吃饭休息时间通常被视为工作间歇，不属于工作时间。但具体休息时间的长度和安排，可能因企业规定、行业特点或劳动合同约定而有所不同。
短暂超时的法律性质：
- 短暂的超时（如两分钟）在一般情况下并不直接构成违法。因为法律并未明确规定吃饭休息时间的具体长度，而是强调了劳动者应享有合理的休息时间。
- 如果超时并未对员工的身体健康或工作权益造成实质性损害，且未违反劳动合同或企业规章制度的明确规定，那么这种超时通常不会被视为违法行为。
二、从劳动合同与企业规章制度角度分析
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了吃饭休息时间的长度，且超时两分钟违反了这一约定，那么员工有权要求企业遵守合同约定，并可能因此寻求法律救济。
企业规章制度：
- 企业内部可能制定了关于工作时间和休息时间的规章制度。如果超时两分钟违反了这些规章制度，且规章制度本身合法有效，那么企业可能因此面临内部管理上的问题，但不一定直接构成违法。
- 然而，如果规章制度过于苛刻或不合理，且因此对员工权益造成损害，员工可能通过法律途径维护自己的权益。
三、从员工权益保护角度分析
员工权益受损：
- 如果超时两分钟导致员工无法充分休息，进而影响其身体健康或工作效率，那么这种超时可能间接损害了员工的权益。
- 在这种情况下，员工有权向企业提出异议，并要求企业改善工作条件或提供合理的补偿。
法律救济途径：
- 如果员工认为自己的权益因超时而受到损害，且无法通过与企业协商解决问题，那么员工可以向劳动监察部门投诉或提起劳动争议仲裁/诉讼。
建议与总结
- 对于员工：如果吃饭休息时间超时两分钟并未对你造成实质性损害，且未违反劳动合同或企业规章制度的明确规定，那么你可以选择与企业沟通或接受这一安排。但如果超时导致你权益受损，你有权寻求法律救济。
- 对于企业：建议企业合理安排员工的工作时间和休息时间，确保员工享有充分的休息权利。同时，企业应遵守劳动合同和企业规章制度的约定，避免因此引发法律纠纷。
总之，短暂的超时两分钟在一般情况下并不直接构成违法，但需结合具体情况判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。