在非法捕捞案件中，二次鉴定的提出主体通常包括公安机关、检察机关以及案件当事人（包括犯罪嫌疑人、被告人及其辩护人、被害人等）。以下是对这一问题的详细分析：
一、公安机关与检察机关的提出权
在刑事诉讼过程中，公安机关和检察机关作为侦查和起诉机关，对案件事实的认定负有重要责任。当他们对初次鉴定结果存在疑问或认为需要进一步查证时，有权提出二次鉴定的申请。这是为了确保案件事实的准确性和公正性，防止因鉴定错误而导致的不公正判决。
二、案件当事人的提出权
犯罪嫌疑人、被告人及其辩护人：在非法捕捞案件中，犯罪嫌疑人、被告人及其辩护人对鉴定结果有异议时，有权申请二次鉴定。这是他们行使辩护权的重要方式，旨在通过重新鉴定来证明自己的无罪或罪轻。
被害人：虽然被害人不是刑事诉讼的直接参与者，但他们对案件结果也有切身利益。如果被害人认为初次鉴定结果未能准确反映案件事实，在符合法律规定的情况下，也可以提出二次鉴定的申请。不过，这一权利的具体行使可能受到诉讼程序和证据规则的限制。
三、提出二次鉴定的条件与程序
条件：提出二次鉴定通常需要满足一定的条件，如初次鉴定存在明显错误、鉴定程序违法、鉴定机构或鉴定人不具备相应资质等。此外，当事人提出二次鉴定申请时，还需要提供充分的理由和证据。
程序：二次鉴定的提出通常需要通过正式的法律程序进行。例如，当事人可以向办案机关（如公安机关、检察机关）提出书面申请，并附上相关证据和理由。办案机关在审查申请后，如果认为符合条件，会依法委托有资质的鉴定机构进行二次鉴定。
四、法律建议
对于当事人而言，如果对初次鉴定结果有异议，应及时咨询专业律师，了解提出二次鉴定的具体条件和程序。
在提出二次鉴定申请时，当事人应确保申请材料的完整性和真实性，以提高申请的成功率。
当事人还应关注二次鉴定的结果，并根据结果及时调整自己的诉讼策略。
如有任何关于非法捕捞或其他侵权损害、征地拆迁方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。我将运用我的专业知识和经验，为你提供全面、准确的法律解答。