预发的工资在离职时是否会被扣除，需根据预发工资的性质及双方约定来判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、正常薪资预支部分，通常无需退还

若预发工资属于正常薪资核算提前发放的部分，如公司提前给员工预支了当月正常出勤应得工资中的一部分，这部分工资是员工付出劳动应得的报酬，离职时自然无需退还。例如，员工每月工资为1万元，公司每月15日发放上月工资，但本月5日就提前发放了5000元作为预发工资，员工在本月20日离职，那么这5000元预发工资属于员工应得劳动报酬，无需退还。

二、因特殊情况预发，可能需按约定退还

若预发工资是因特殊情况而发放，如公司预发一笔奖金，期望员工完成某个特定项目，并双方约定如果员工未完成项目，这笔奖金就得退还。那么，若员工辞职导致项目未完成，就需要按照约定退还预发的奖金。例如，公司预发员工2万元作为完成某项目的奖金，约定若项目未完成需全额退还，员工在项目进行到一半时离职，导致项目未完成，那么员工就需要退还这2万元预发奖金。

三、法律依据与操作建议

• 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位应按照劳动合同约定的工资标准和劳动者实际工作的天数，足额支付劳动者工资。但若双方有特别约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则应按照约定执行。
• 操作建议：
  • 离职前：建议员工仔细阅读劳动合同和公司相关政策，特别是关于工资发放和退还的条款，确保了解所有可能涉及的经济事项。
  • 离职时：与用人单位就预发工资是否退还进行明确沟通，并保留好相关证据，如工资条、预发工资通知、双方约定等，以备不时之需。
  • 发生争议时：若双方就预发工资是否退还产生争议，可先通过协商解决；协商不成，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身合法权益。

总结来看，预发工资在离职时是否会被扣除，关键在于其性质及双方是否有特别约定。若无特别约定且属于正常薪资预支部分，则无需退还；若因特殊情况预发且约定了未达成条件需退还，则应按约定处理。如有任何疑问或不确定之处，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。