针对您提出的“虚开发票过五年怎么处理”的问题，这确实是一个涉及税务法规和时效性的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，虚开发票的税务处理主要涉及两个方面：一是税款、滞纳金的追征期；二是行政处罚的追溯期。
一、税款、滞纳金的追征期
根据《税收征收管理法》的相关规定，对于因税务机关责任或企业计算错误等失误导致的未缴或少缴税款，税务机关在三年内可以要求企业补缴税款，特殊情况下可延长到五年。然而，若企业存在偷税、抗税、骗税情形，税务机关则可以无限期追征税款、滞纳金。在虚开发票的情况下，如果这种行为被认定为偷税（即通过虚开发票来少缴税款），那么税务机关将有权无限期追征相关税款和滞纳金。
二、行政处罚的追溯期
对于行政处罚的追溯期，法律规定税务机关在五年内未发现企业违反税收法律、行政法规应当给予行政处罚的行为的，不再给予行政处罚。这意味着，如果虚开发票的行为超过五年未被税务机关发现，那么企业将不会因此受到行政处罚。但需要注意的是，这并不意味着企业可以完全免责，因为税款和滞纳金的追征可能仍然存在。
三、具体案例分析
以南京YS机械制造有限公司为例，该公司五年前接受了上游企业虚开的增值税专用发票。五年后，税务机关查实了这一行为，但由于超过了五年的行政处罚追溯期，因此未对公司进行罚款。然而，公司仍需将已抵扣的进项税额转出，并补缴对应的税款，这导致了直接的经济损失。
四、企业应对策略
严格发票审核：企业应核查交易的真实性、开票方的资质，并确保“四流一致”（即合同流、资金流、货物流、发票流一致），以从源头上杜绝虚开发票的风险。
定期自查自纠：企业应对历史发票进行合规性审查，及时发现并纠正潜在的风险点。
关注时效临界点：如果虚开发票的行为接近五年时效，企业应评估主动补税与被动查处的成本差异，以做出更明智的决策。
综上所述，虚开发票过五年后的处理取决于多个因素，包括是否构成偷税、税款和滞纳金的追征期以及行政处罚的追溯期等。企业应严格遵守税务法规，加强发票管理，以避免因虚开发票而带来的法律风险和经济损失。如果您作为企业财务负责人面临此类问题，建议咨询专业税务律师或机构以获取更具体的法律建议。