工程竣工结算定案金额是否要扣减违约金，需分情况讨论：

1. 若合同中有明确约定违约金条款，且违约事实清楚：

   • 工程竣工结算定案金额主要是对工程价款的核算确认，它并不代表放弃追究违约责任的权利。只要违约事实明确，且合同中有相关违约金的约定，守约方主张违约金就会受法律保护。因此，在这种情况下，工程竣工结算定案金额通常不会直接扣减违约金，而是守约方在结算后仍有权向违约方主张违约金。
   • 守约方若要主张违约金，需在诉讼时效内进行，并且要提供证据证明违约方的违约事实、自身损失大小以及违约金的计算依据。

2. 若合同中没有明确约定违约金条款，但存在违约事实：

   • 即便合同中没有明确约定违约金，守约方也可根据实际损失情况，要求违约方赔偿实际损失。这种赔偿请求并不受工程竣工结算定案金额的直接影响，而是基于违约事实和实际损失来确定的。
   • 守约方需要提供充分的证据来证明违约事实以及实际损失的大小，以便在法律上获得支持。

3. 若双方在工程竣工结算时已就违约金问题达成一致：

   • 如果双方在工程竣工结算过程中，已经就违约金问题进行了协商并达成了一致意见，那么应当按照双方的约定来执行。这种情况下，工程竣工结算定案金额可能会包含或扣减相应的违约金金额。

法律建议：

• 在签订工程合同时，建议明确约定违约金条款，包括违约金的计算方式、支付时间等，以便在发生违约情况时能够有明确的法律依据来主张权利。
• 在工程竣工结算过程中，如果发现对方存在违约行为，应及时与对方沟通并协商解决方案。如果协商不成，可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。
• 在主张违约金或赔偿实际损失时，务必提供充分的证据来支持自己的主张，包括违约事实、损失大小以及计算依据等。

总结：工程竣工结算定案金额是否要扣减违约金，取决于合同中的约定、违约事实以及双方是否已就违约金问题达成一致。在处理此类问题时，建议咨询专业律师以获取更准确的法律建议。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。