结论：
公证后的份额在贷款还清后通常保持不变：贷款房屋进行公证后，所明确的份额在贷款还清后一般仍按照公证的内容来执行。公证具有法律效力，能够证明双方在特定时间点对房屋份额的约定。
但需注意后续协议或法律行为的影响：然而，如果在贷款还清后，双方又签订了新的协议或进行了其他法律行为（如赠与、买卖等），这些行为可能会改变原有的份额分配。
详细分析：
公证的法律效力： 公证是公证机构根据自然人、法人或者其他组织的申请，依照法定程序对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。在贷款房屋进行公证时，双方通常会明确各自的份额，并由公证机构进行证明。这种公证具有法律效力，能够作为双方在特定时间点对房屋份额约定的证据。
贷款还清后的份额分配： 在贷款还清后，如果双方没有签订新的协议或进行其他法律行为来改变原有的份额分配，那么公证时所明确的份额通常仍然有效。这意味着，即使贷款已经还清，双方在房屋中的份额仍然按照公证的内容来执行。
后续协议或法律行为的影响： 然而，需要注意的是，如果在贷款还清后，双方又签订了新的协议或进行了其他法律行为（如赠与、买卖等），这些行为可能会改变原有的份额分配。例如，如果一方在贷款还清后将部分份额赠与给另一方，或者双方通过买卖协议调整了各自的份额，那么原有的公证份额就不再适用。
法律建议：
保留公证文件：为了确保自己的权益，建议双方保留好贷款房屋进行公证时的相关文件，以便在需要时能够证明自己的份额。
谨慎签订后续协议：在贷款还清后，如果双方需要签订新的协议或进行其他法律行为来改变原有的份额分配，建议谨慎考虑并咨询专业律师的意见，以确保自己的权益不受损害。
及时更新登记信息：如果双方通过后续协议或法律行为改变了原有的份额分配，建议及时到相关部门更新登记信息，以确保房屋权属的清晰和准确。
如有任何关于贷款房屋公证、份额分配或其他法律问题的疑问，可以直接向我咨询。