请假超过90天是否算自动离职，这并非一个绝对的结论，而是需要根据具体情况来判断。以下是从不同角度的分析：

1. 员工按单位规定流程请假获批的情况：

   • 如果员工按照公司的规定流程提交了请假申请，并且该申请已经得到了公司的批准，那么即便请假时间超过了90天，也不能简单地认定为自动离职。在这种情况下，公司应当保留员工的劳动关系，并继续履行相关的义务，如支付工资、缴纳社保等。

2. 员工未按规定请假或未获批擅自离岗的情况：

   • 如果员工没有按照公司的规定流程请假，或者请假申请没有得到公司的批准，就擅自离岗，并且离岗时间超过了公司规定的期限（这个期限可能是90天，也可能是其他天数，具体要看公司的规章制度），那么这种情况可能构成严重违反公司规章制度的行为。公司有权根据公司的规章制度和法律法规的规定，解除与员工的劳动合同，并可视作员工自动离职。但需要注意的是，公司解除劳动合同必须遵循法定程序，比如通知工会等。

3. 公司规章制度与法律法规的冲突：

   • 在处理这类问题时，还需要注意公司的规章制度是否与法律法规相冲突。如果公司的规章制度违反了法律法规的规定，那么这些规章制度就是无效的，不能作为处理员工问题的依据。

4. 员工的维权途径：

   • 如果员工认为公司的处理决定违法或不合理，可以通过劳动仲裁等途径来维护自己的合法权益。在劳动仲裁过程中，员工需要提供充分的证据来证明自己的主张，比如请假申请、批准文件、工资单、社保缴纳记录等。

针对您的情况，我建议您：

• 首先，查看公司的规章制度和劳动合同，了解公司对于请假和离职的具体规定。
• 其次，如果您已经按照公司的规定流程提交了请假申请，并且该申请已经得到了公司的批准，那么您可以向公司说明情况，要求公司继续履行劳动关系。
• 如果公司坚持认为您已经自动离职，并且停止了为您缴纳社保等行为，您可以考虑通过劳动仲裁等途径来维护自己的合法权益。

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