针对您提出的“医疗期满三个月员工入职满6个月怎么赔偿”的问题，我首先明确一下核心前提：员工医疗期满后，若因身体原因无法继续工作，且入职已满6个月，此时涉及的是劳动合同解除及经济补偿的问题。接下来，我将从几个角度为您详细分析：

1. 医疗期满后的劳动合同处理：

   • 根据《劳动合同法》及相关规定，员工在医疗期内，用人单位不得解除劳动合同。医疗期满后，若员工不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位可以提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同。

2. 经济补偿的计算：

   • 对于入职满6个月但不满一年的员工，若因上述原因被解除劳动合同，用人单位应按照员工在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向员工支付经济补偿。六个月以上不满一年的，按一年计算。
   • 月工资是指员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。若员工工作不满十二个月，则按照实际工作的月数计算平均工资。

3. 特殊情况的处理：

   • 若员工在医疗期满后，能够提供医疗机构出具的证明，证明其因身体原因确实无法继续工作，且用人单位无法为其安排其他合适的工作，那么用人单位在解除劳动合同时，除了支付经济补偿外，还应考虑是否需要支付额外的医疗补助费等，这具体取决于地方性法规或政策的规定。

4. 建议与操作：

   • 作为用人单位，在处理此类情况时，应首先与员工进行充分沟通，了解其身体状况及工作意愿。
   • 若确实无法继续工作，应依法解除劳动合同，并按照规定支付经济补偿。
   • 同时，建议用人单位保留好相关医疗证明、沟通记录等文件，以备不时之需。

综上所述，对于医疗期满三个月且入职满6个月的员工，若因身体原因无法继续工作，用人单位在解除劳动合同时，应依法支付经济补偿，具体金额根据员工在本单位的工作年限及月工资来确定。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。