关于入库单盖合同专用章是否有效的问题，这主要取决于入库单的性质、用途以及盖章行为是否符合相关法律法规和交易习惯。以下是从不同角度的分析：

1. 从合同法的角度来看：

   • 合同专用章通常用于签订合同，表明双方对合同内容的认可和承诺。然而，入库单并非传统意义上的合同，它更多是作为货物接收、存储的凭证。
   • 如果入库单上明确记载了双方的权利义务，且盖章行为是双方真实意思的表示，没有违反法律法规的强制性规定，那么即使盖的是合同专用章，也可能被视为双方对入库单内容的认可，从而具有一定的法律效力。但这种情况较为特殊，需要具体案件具体分析。

2. 从交易习惯的角度来看：

   • 在商业实践中，入库单的盖章通常是为了证明货物的接收和存储情况，而非签订合同。因此，使用合同专用章可能并不符合交易习惯。
   • 如果交易双方长期使用某种特定的盖章方式（如公司公章、财务章等）来确认入库单，那么突然使用合同专用章可能会引发争议，因为这可能不符合双方的交易习惯和预期。

3. 从法律风险的角度来看：

   • 使用合同专用章盖章入库单可能存在一定的法律风险。因为合同专用章通常与合同签订相关联，如果入库单被误认为是合同的一部分，可能会导致双方对权利义务的理解产生偏差。
   • 此外，如果入库单上的盖章行为存在瑕疵（如盖章不清晰、盖章位置不当等），也可能影响其法律效力。

法律建议：

• 为了避免潜在的法律风险，建议在入库单上使用与公司业务相关的、符合交易习惯的盖章方式（如公司公章、仓库章等）。
• 如果确实需要在入库单上盖章以确认某些事项，可以事先在双方签订的合同或协议中明确约定入库单的盖章方式、法律效力等事项。
• 在任何情况下，都应确保盖章行为是双方真实意思的表示，且没有违反法律法规的强制性规定。

如果您对入库单盖章的法律效力有进一步疑问或需要具体的法律建议，请随时向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。