针对您提出的“收到虚开运输费增值税发票怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，虚开运输费增值税发票是一种严重的违法行为，无论金额大小，都将面临税务机关的行政处罚或刑事处罚，并可能对企业的信誉和未来经营造成严重影响。因此，一旦发现收到虚开运输费增值税发票，企业应立即采取措施进行处理。
一、处理原则
不予抵扣或退税：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关规定，对于取得的虚开发票，应按规定不予抵扣进项税款或者不予出口退税。
- 如果购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税款，应依法追缴。
加强财务管理与查验：
- 为保障企业合法权益，建议企业加强财务管理，充分利用税务机关提供的免费查询渠道，如全国增值税发票查验平台、税务数字账户等，对取得的发票真伪进行查验。
- 对不符合规定的发票及时拒收，不作为财务凭证入账。
二、善意取得虚开发票的处理
- 如果企业在不知情的情况下取得了虚开的专用发票用于进项抵扣或办理出口退税，根据国家税务总局的相关规定，对符合善意取得条件的纳税人不以偷税或者骗取出口退税论处。
- 但企业应按有关规定不予抵扣进项税款或者不予出口退税；如果已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。
- 同时，如果企业能够重新从销售方取得合法、有效专用发票的，依法准予抵扣进项税款或者出口退税。
三、异常扣税凭证的处理
- 根据《国家税务总局关于异常增值税扣税凭证管理等有关事项的公告》，对增值税一般纳税人取得的增值税专用发票列入异常凭证范围的，应按照规定处理。
- 尚未申报抵扣增值税进项税额的，暂不允许抵扣；已经申报抵扣增值税进项税额的，除另有规定外，一律作进项税额转出处理。
- 尚未申报出口退税或者已申报但尚未办理出口退税的，除另有规定外，暂不允许办理出口退税。
- 纳税人对税务机关认定的异常凭证存有异议的，可向主管税务机关提出核实申请。经税务机关核实，符合现行增值税进项税额抵扣或出口退税相关规定的，纳税人可继续申报抵扣或者重新申报出口退税。
四、法律建议与预防措施
- 鉴于虚开运输费增值税发票的严重后果，企业和个人应严格遵守税收法规，避免任何形式的虚开发票行为。
- 建议企业加强内部管理，提高员工的法律意识，确保所有发票的真实性和合法性。
- 如发现此类行为，应立即向税务机关报告并配合调查处理，以降低潜在的法律风险和损失。
综上所述，收到虚开运输费增值税发票时，企业应严格按照相关法律法规进行处理，并加强内部管理和查验工作，以防范潜在的法律风险和损失。