结论：在隐瞒真相虚构项目开工收取施工协议保证金300万元，且已有民事判决的情况下，仍然可以报案。但需注意报案的时机、证据收集以及可能面临的法律后果。

详细分析：

1. 报案的合法性：

   • 隐瞒真相虚构项目开工并收取保证金的行为，涉嫌诈骗罪。诈骗罪是指以非法占有为目的，使用欺骗方法，骗取数额较大的公私财物的行为。在此情况下，行为人通过虚构项目开工的事实，骗取了施工方的保证金，符合诈骗罪的构成要件。
   • 民事判决并不影响刑事案件的立案和侦查。即使已有民事判决，如果发现行为人涉嫌犯罪，仍然可以向公安机关报案，由公安机关进行刑事侦查。

2. 报案的时机与证据收集：

   • 报案的时机：在发现行为人涉嫌诈骗后，应尽快向公安机关报案，以便公安机关及时介入调查，防止证据灭失或行为人转移财产。
   • 证据收集：报案时，应提供尽可能详细的证据，包括但不限于施工协议、保证金支付凭证、虚构项目开工的证据（如虚假文件、宣传资料等）、与行为人的沟通记录等。这些证据将有助于公安机关查明事实，追究行为人的刑事责任。

3. 可能面临的法律后果：

   • 对于行为人而言，如果被认定构成诈骗罪，将面临刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。具体刑罚将根据诈骗数额、情节严重程度等因素确定。
   • 对于施工方而言，虽然已有民事判决，但如果通过刑事报案追回了部分或全部损失，可以在民事执行程序中申请相应调整。同时，刑事报案也有助于维护市场秩序，防止类似诈骗行为再次发生。

4. 注意事项：

   • 在报案前，应确保所掌握的证据充分、确凿，避免因证据不足而导致报案不被受理或侦查进展缓慢。
   • 报案时，应如实陈述事实，不得夸大或虚构情节，以免影响案件的侦查和审理。
   • 在整个过程中，应保持与公安机关的沟通，及时了解案件进展情况，并配合公安机关的调查工作。

综上所述，隐瞒真相虚构项目开工收取施工协议保证金300万元，在已有民事判决的情况下，仍然可以报案。但需注意报案的时机、证据收集以及可能面临的法律后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。