结论：民事判决几年后才发现施工合作协议诈骗300万元，若符合刑事追诉条件，仍然可以追究刑事责任。但具体能否追究，需结合诈骗行为的性质、追诉时效以及是否已过追诉期限等因素综合判断。

一、刑事追诉的基本条件

首先，要明确的是，刑事追诉并不受民事判决的影响。即使民事案件已经判决，如果发现其中存在刑事犯罪行为，如诈骗，仍然可以依法追究刑事责任。诈骗罪是指以非法占有为目的，使用欺骗方法，骗取数额较大的公私财物的行为。在施工合作协议中，如果一方通过虚构事实、隐瞒真相等手段，骗取另一方300万元，且主观上具有非法占有的目的，那么该行为就可能构成诈骗罪。

二、追诉时效的考虑

然而，刑事追诉并非无期限的。根据《中华人民共和国刑法》第八十七条的规定，犯罪经过下列期限不再追诉：

1. 法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年；
2. 法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年；
3. 法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年；
4. 法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。

对于诈骗罪，根据诈骗数额和情节的不同，法定刑也有所不同。诈骗300万元，属于数额特别巨大，根据《中华人民共和国刑法》第二百六十六条的规定，可能处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。因此，如果诈骗行为发生后，经过二十年仍未被发现或未被追诉，且未经最高人民检察院核准，则可能不再追诉。但在此案例中，由于诈骗数额特别巨大，且通常此类案件在发生后较短时间内就会被发现或报案，所以追诉时效的问题可能不是主要障碍。

三、追诉期限的起算与中断

此外，还需要考虑追诉期限的起算和中断问题。追诉期限从犯罪之日起计算；犯罪行为有连续或者继续状态的，从犯罪行为终了之日起计算。在追诉期限以内又犯罪的，前罪追诉的期限从犯后罪之日起计算。如果诈骗行为被发现后，犯罪嫌疑人逃避侦查或者审判的，不受追诉期限的限制。因此，如果诈骗行为被发现后，犯罪嫌疑人一直逃避侦查或审判，那么无论经过多少年，都可以依法追究其刑事责任。

四、实际操作中的建议

1. 收集证据：首先，需要收集充分的证据来证明诈骗行为的存在，如施工合作协议、转账记录、聊天记录、证人证言等。
2. 报案：然后，向公安机关报案，由公安机关进行立案侦查。
3. 配合调查：在侦查过程中，需要积极配合公安机关的调查工作，提供必要的协助和证据。
4. 法律咨询：在整个过程中，建议咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。

最后，民事判决几年后才发现施工合作协议诈骗300万元，若符合刑事追诉条件，仍然可以追究刑事责任。但具体能否追究，需结合诈骗行为的性质、追诉时效以及是否已过追诉期限等因素综合判断。如果您有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。