针对您提出的“全款车挂靠公司公司罚款合法吗”这一问题，我们需要从多个角度进行深入分析。

首先，从行政许可及管理的角度来看，车辆挂靠公司的合法性并非一概而论。在某些特定行业，如道路运输领域，从事相关经营活动需要具备特定的资质。如果个人或企业不具备这些资质，而通过挂靠有资质的公司来开展业务，这种行为可能违反了相关的行政管理规定。在这种情况下，如果挂靠公司因为您的挂靠行为而受到了相关部门的处罚，那么这种罚款可能是基于行政管理规定的合法行为。但关键在于，罚款的原因必须与您的挂靠行为直接相关，并且符合相关法律法规的规定。

其次，从民事法律关系的角度来看，挂靠双方通常会签订挂靠协议，明确各自的权利和义务。只要这份协议的内容不违反法律法规的强制性规定，并且是基于双方的真实意思表示达成的，那么它在民事领域就具有一定的效力。然而，这并不意味着挂靠公司可以随意对挂靠车辆进行罚款。罚款行为必须基于协议中的明确约定，并且不能违反法律法规的强制性规定。

再者，我们需要考虑的是罚款的具体原因和依据。如果挂靠公司因为您的车辆存在违规经营行为（如运输违禁物品等）而对您进行罚款，那么这种罚款可能是基于其管理义务和合同约定的。但同样，罚款行为必须合法合规，不能超出协议约定的范围或违反法律法规的规定。

最后，我想强调的是，作为挂靠车主，您有权了解罚款的具体原因和依据，并有权对不合理的罚款提出异议或寻求法律帮助。如果挂靠公司的罚款行为违反了法律法规或协议约定，您可以通过法律途径来维护自己的合法权益。

综上所述，全款车挂靠公司公司罚款是否合法，取决于罚款的具体原因、依据以及是否符合相关法律法规和协议约定的规定。建议您在遇到此类问题时，及时与挂靠公司沟通并了解相关情况，必要时可以寻求专业法律人士的帮助来维护自己的合法权益。