针对您提出的“没有合法变更来源的土地怎么处理”这一问题，以下是我为您提供的清晰、详细、有深度的解答：

首先，我们需要明确的是，没有合法变更来源的土地，在法律上并不具备合法的身份，即使它在土地调查中被标记为建设用地，这并不意味着其身份就“合法化”了。土地调查主要是现状调查，它反映的是土地在调查时的实际利用状况，而不是土地的合法性。

对于这类没有合法变更来源的土地，处理方式通常需要根据其具体情况和相关法律法规来进行。以下是一些可能的处理方式：

1. 追溯用地历史并分类处理：

   • 如果用地行为发生在较早的时间（如1986年12月31日之前），可能会依照原国家土地管理局发布的《确定土地所有权和使用权的若干规定》进行确权，并依照《不动产登记暂行条例》进行登记发证。
   • 对于用地行为发生在较近时间（如1999年1月1日以后）且农民无意见、权属无争议的情况，需要依法落实处理（处罚）措施后，按照建设占用时的国土变更调查（土地变更调查）的实际地类办理建设用地审批手续。

2. 建设用地报批：

   • 在建设用地报批时，对于“三调”调查为建设用地但无合法来源的土地，需要向前追溯到用地发生时的年度变更调查实际地类，然后再区分不同情形分类办理。
   • 如果用地符合规划用途，且已经通过处理（处罚）措施，那么有可能补办用地手续，使其具备合法身份。

3. 执法判定地类：

   • 在判定违法用地的地类时，需要向前追溯到违法用地发生时上一年度的地类，与“三调”是否调查为现状建设用地无关。
   • 如果违法用地发生时，该用地已经批准转为建设用地的，应当按照建设用地判定；否则，需要按照实际地类进行判定，并依法处理。

4. 国土空间规划：

   • 在编制国土空间规划时，对于“三调”中的无权源建设用地，需要判断其是否符合规划。
   • 如果能纳入国土空间规划，即可视为符合规划，才有可能补办手续；如果不能纳入国土空间规划，则可能面临拆除的风险。

5. 特殊政策与试点地区：

   • 在一些特殊政策或试点地区（如集体经营性建设用地入市试点地区、超大特大城市以及城区人口300万以上的城中村改造项目），对于历史遗留的无合法来源建设用地，可能会有一些特殊的处理方式或政策优惠。

总的来说，没有合法变更来源的土地处理起来相对复杂，需要综合考虑其历史背景、现状利用状况、相关法律法规以及政策导向等因素。建议您在处理这类问题时，咨询专业的法律人士或相关部门，以确保处理方式的合法性和有效性。