关于出租农用地用于非农建设，后来取得建设用地使用权证，该租赁合同是否有效的问题，分析如下：

1. 初始合同效力分析：

   • 根据我国《土地管理法》和《农村土地承包法》的相关规定，农用地是专门用于农业生产的土地，未经依法批准，不得擅自改变其用途用于非农建设。因此，在初始阶段，如果出租方将农用地出租给承租方用于非农建设，且未办理农用地转用审批手续，那么该租赁合同因违反法律强制性规定而无效。

2. 后续取得建设用地使用权证的影响：

   • 尽管在租赁合同签订后，出租方取得了建设用地使用权证，但这并不意味着之前因违反法律强制性规定而无效的租赁合同自动变得有效。因为合同的效力应当根据签订时的法律环境和事实状态来判断，而不是根据后续的变化来判断。
   • 然而，从实际操作和纠纷解决的角度来看，如果出租方在取得建设用地使用权证后，与承租方就土地用途变更、合同条款调整等事宜进行了协商并达成了新的协议，那么这个新的协议在符合法律规定的前提下，是可以被认定为有效的。但需要注意的是，这个新的协议并不等同于对之前无效租赁合同的追认或补正，而是双方基于新的法律环境和事实状态重新达成的协议。

3. 法律后果与建议：

   • 对于因违反法律强制性规定而无效的租赁合同，出租方和承租方都可能面临一定的法律后果，如合同无效后的财产返还、损失赔偿等。
   • 建议出租方和承租方在签订租赁合同时，务必了解并遵守相关法律法规的规定，确保合同的合法性和有效性。如果确实需要改变土地用途用于非农建设，应当依法办理相关审批手续，并签订符合法律规定的租赁合同。
   • 如果已经因违反法律强制性规定而签订了无效的租赁合同，并产生了纠纷，建议双方及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并寻求合法的纠纷解决途径。

综上所述，出租农用地用于非农建设，后来即使取得建设用地使用权证，该租赁合同在初始签订时因违反法律强制性规定而无效。但双方可以根据后续的法律环境和事实状态重新协商并达成新的协议。如有任何法律问题或纠纷，建议直接向我咨询。