针对您提出的问题，即“出租的时候是农用地，后来取得建设用地使用权证，当时签订的租赁合同是否有效”，我们可以从以下几个方面进行深入分析：
合同签订时的土地性质与合同效力：
- 在合同签订时，如果土地性质为农用地，且未经合法程序转变为建设用地，那么根据《土地管理法》的相关规定，将农用地出租用于非农业建设是违法的，此时签订的租赁合同可能因违反法律强制性规定而被认定为无效。
土地性质变更后的合同效力：
- 然而，在您提到的情况下，土地后来取得了建设用地使用权证，这意味着土地性质已经从农用地变更为建设用地。此时，我们需要考虑的是合同签订时的意图与后续土地性质变更之间的关系。
- 如果合同双方在签订合同时，虽然土地性质为农用地，但双方均知晓并预期土地将用于非农业建设（且后续确实取得了建设用地使用权证），且合同内容并未违反其他法律强制性规定，那么从合同履行的实际情况和双方的真实意图来看，合同可能被视为有效。但这一判断需要具体结合合同条款、双方行为以及相关法律法规进行综合分析。
- 另一种情况是，如果合同明确约定了土地用途为非农业建设，且在合同履行过程中土地性质发生了变更，那么合同的有效性将更多地取决于变更后的土地性质是否符合合同约定的用途。在此情况下，由于土地已经取得了建设用地使用权证，合同可能被视为有效履行或至少部分有效。
法律后果与建议：
- 如果合同被认定为无效，那么双方可能需要根据各自的过错程度承担相应的法律责任，如返还财产、赔偿损失等。
- 如果合同被视为有效或部分有效，那么双方应继续履行合同义务，并确保合同履行符合法律法规的要求。
- 鉴于此类问题的复杂性，我建议您直接咨询专业律师（当然，也可以直接向我咨询），以便根据具体情况进行详细分析和法律建议。
综上所述，对于您提出的问题，我们不能一概而论地判断租赁合同是否有效，而需要结合合同签订时的土地性质、合同内容、双方行为以及后续土地性质变更等多个因素进行综合分析。如果您有进一步的疑问或需要具体的法律建议，请随时向我咨询。