员工违反公司制度，公司并非在所有情况下都可以直接扣工资。是否可以扣工资以及如何扣，需要依据具体情况和相关法律法规来判断。以下是对此问题的详细分析：
可以扣工资的情况及限制：
- 员工过错造成损失：如果员工因个人工作失误或故意行为给公司造成了经济损失，且劳动合同中有明确约定可以从工资中扣除赔偿，那么公司可以在一定范围内扣除员工的工资作为赔偿。但扣除的金额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 绩效考核不达标（需合法合规）：如果公司的绩效考核制度经过民主程序制定并公示，且员工知晓并同意该制度，那么在员工绩效考核不达标的情况下，公司可以根据制度规定扣除相应的绩效工资。但这种扣除必须基于公平、公正的原则，且不能违反相关法律法规的规定。
- 代扣代缴情况：用人单位可以依法代扣代缴应由员工负担的各项社会保险费用、个人所得税及其他应扣除的费用，以及法院裁判要求代扣的抚养费、赡养费等。
不可以扣工资的情况：
- 无合法依据的罚款：公司不得以任何名义对员工进行罚款，除非有明确的法律依据或劳动合同中的特别约定。
- 非经济损失的惩罚性扣除：对于员工迟到、早退等违反公司规章制度的行为，如果未造成实际经济损失，公司通常无权直接从工资中扣除款项作为惩罚。
- 超出法定限额的扣除：即使员工因过错给公司造成了经济损失，公司扣除其工资时也必须遵守法律规定的限额和程序。
法律建议：
- 完善规章制度：公司应建立健全的规章制度，明确员工的行为规范和奖惩措施，并确保这些制度经过民主程序制定并公示，以便在处理员工违反公司制度的问题时有明确的依据。
- 加强沟通与培训：通过培训和沟通让员工了解公司的规章制度和绩效考核制度，增强员工的合规意识和责任感，减少因误解或不知情而导致的违规行为。
- 合法合规操作：在处理员工违反公司制度的问题时，公司应确保所有操作都符合法律法规的要求，避免引发劳动纠纷。如果公司对是否可以扣工资存在疑问，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。
可能的法律后果：
- 如果公司违反法律法规或劳动合同约定扣除员工工资，员工有权向劳动保障行政部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发工资并可能获得赔偿。
- 在极端情况下，如果公司长期或大量克扣员工工资，还可能面临劳动保障行政部门的处罚，包括责令限期支付工资报酬、加付赔偿金等。
因此，公司在处理员工违反公司制度的问题时，应谨慎行事，确保所有操作都符合法律法规的要求。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。