公司可以通过存档比对、操作记录以及完善的员工管理制度来举证程序员离职后删除代码注释的行为。以下是对此问题的详细分析：
一. 法律依据与案情分析
从法律层面看：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千一百六十五条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。程序员在公司编写的代码及其注释，往往被视为公司的财产或商业机密的一部分。因此，如果程序员在离职后擅自删除这些注释，可能会被视为对公司财产权的侵害，需要承担相应的侵权责任。
- 从《中华人民共和国劳动合同法》第五十条的规定来看，劳动者在离职时应当按照双方约定办理工作交接，包括交还公司的财物、资料等。删除代码注释可能被视为未完全履行工作交接义务，从而违反劳动合同法的规定。
案情特定分析：
- 本案中，程序员离职后删除了代码注释。虽然删除注释不一定会影响代码的运行，也不一定造成实质损失，但从法理上来说，任何在任职期间因公司要求而产生的著作权利益（包括代码注释）都是归属于公司的。因此，删除注释仍然可能被视为侵害了公司的权益。
二. 公司举证途径
存档比对：
- 核心要点：公司应当建立完备的代码版本控制系统，对每一次代码提交和注释修改进行记录。通过比对离职前后的代码版本，可以明确哪些注释被删除，以及删除操作是由哪位员工进行的。
- 实例说明：例如，使用Git等版本控制系统，可以清晰地查看每一次代码提交的历史记录，包括注释的添加和删除。
操作记录：
- 核心要点：公司应确保代码存储服务器或开发环境具有详细的操作日志记录功能。这些日志可以记录每位员工对代码的操作行为，包括删除注释的操作。
- 实例说明：许多现代化的代码管理平台都提供了详细的操作日志功能，公司可以通过这些日志追踪到具体的删除操作及其执行者。
完善的员工管理制度：
- 核心要点：公司应建立完备的员工管理制度，明确员工在离职时应交还的所有资料和数据，并规定相应的交接流程和责任追究机制。
- 实例说明：例如，在员工离职协议中明确列出需要交还的代码、文档等资料清单，并要求员工在离职前进行签字确认。同时，公司可以设立专门的离职交接审核部门，对员工的交接工作进行严格审查。
三. 总结与建议
- 总结：公司可以通过存档比对、操作记录以及完善的员工管理制度来举证程序员离职后删除代码注释的行为。这些措施不仅有助于维护公司的合法权益，还能提高员工对代码和资料的保护意识。
- 建议：我建议公司在日常管理中加强对代码和资料的保护力度，建立完善的版本控制系统和操作日志记录机制。同时，在员工离职时，应严格按照公司规定进行交接审核工作，确保所有重要资料和数据都得到妥善保管和交接。如有进一步需要，您可以继续咨询我。